--no-mixed 默认设置下, 一对reads不能成对比对到参考序列上, 则单独对每个read进行比对. 该选项则阻止此行为 --no-discordant 默认设置下, 一对reads不能合理比对(concordant alignment,即满足-I, -X, --fr/--rf/--ff的条件)到参考序列上, 则搜寻其不合理比对(disconcordant alignment, 即两条reads都能...
--fr / --rf / --ff --no-mixed 默认设置下,一堆reads不能成对比对到参考基因序列上,则单独比对上每个reads进行比对。 输出参数: -t/--time print wall-clock time taken by search phases --un <path> write unpaired reads that didn't align to <path> `将unpaired reads输出到<path> --al <p...
--no-mixed 默认设置下, 一对reads不能成对比对到参考序列上,则单独对每个read进行比对. 该选项则阻止此行为.--no-discordant 默认设置下, 一对reads不能和谐比对(concordantalignment,即满足-I, -X, --fr/--rf/--ff的条件)到参考序列上, 则搜寻其不和谐比对(disconcordant alignment, 即两条reads都能独...
--no-mixed 默认设置下, 一对reads不能成对比对到参考序列上, 则单独对每个read进行比对. 该选项则阻止此行为. --no-discordant 默认设置下, 一对reads不能和谐比对(concordant alignment,即满足-I, -X, --fr/--rf/--ff的条件)到参考序列上, 则搜寻其不和谐比对(disconcordant alignment, 即两条reads都...
设定最长的插入片段长度。default:500--fr/--rf/--ff--no-mixed 默认设置下,一堆reads不能成对比对到参考基因序列上,则单独比对上每个reads进行比对。 输出参数: -t/--time print wall-clock time taken by search phases --un<path>write unpaired reads that didn't align to<path>`将unpaired reads输出...
--no-mixed 默认设置下, 一对reads不能成对比对到参考序列上, 则单独对每个read进行比对. 该选项则阻止此行为. --no-discordant 默认设置下, 一对reads不能和谐比对(concordant alignment, 即满足-I, -X, --fr/--rf/--ff的条件)到参考序列上, 则搜寻其不和谐比对(discon cordant alignment, 即两条reads...
3.3 –no-mixed 该参数用于禁止将配对的 reads 进行混合比对。默认情况下,bowtie2 允许将配对的 reads 分别与参考序列进行比对,并将结果混合输出。 3.4 –no-discordant 该参数用于禁止输出 discordant mapping 结果。默认情况下,bowtie2 允许输出 discordant mapping 结果,即两个配对 reads 在参考序列上映射到不同...
则要选择—rf参数.--no-mixed 默认设置下, 一对reads不能成对比对到参考序列上, 则单独对每个read进行比对. 该选项则阻止此行为.--no-discordant 默认设置下, 一对reads不能和谐比对(concordant alignment,即满足-I, -X, --fr/--rf/--ff的条件)到参考序列上, 则搜寻其不和谐比对(disconcordant alignment...
则要选择—rf参数. --no-mixed 默认设置下, 一对reads不能成对比对到参考序列上, 则单独对每个read进 行比对. 该选项则阻止此行为. --no-discordant 默认设置下, 一对reads不能和谐比对(concordant alignment, 即满足-I, -X, --fr/--rf/--ff的条件)到参考序列上, 则搜寻其不和谐比对(discon cordant ...
实际上应该是bowtie2处理的 paired reads 在的两个文件,必须有同样多的 reads数,并且都是一一对应的;如果一对不能都比上 会找其中一条来比对上;一个如果不能比对到基因组,那么使用 –no-mixed 参数,则不会对与之匹配的reads进行比对了。总之核心思想就是必须处理一对,如果一对中有一条未能匹配上,你可以...