conda install-c bioconda bowtie conda install-c bioconda bowtie2 conda install-c bioconda bwa 1.3 建立索引文件 参考:https://www.jianshu.com/p/89b35626befa 1.3.1 Hisat2 hisat2-build -p 2 Mycoplasma_hyorhinis_sk76.ASM31363v1.dna.toplevel.fa Mycoplasma_hyorhinis_sk76.ASM31363v1.dna.top...
HISAT2HISAT2是一种用于RNA-Seq数据的比对工具,利用分层索引来处理大规模基因组数据。它能够高效地处理剪接变异,并对转录本进行比对(也支持DNA-seq比对,需加参数--no-spliced-alignment) BWA使用Burrows-Wheeler变换和FM索引技术,将短读长序列比对到参考基因组。它有几种模式(如BWA-MEM),可以处理不同长度的读数和...
Bowtie2和Bwa是用于短reads的比对软件,bowtie2主要用于50-1000bp的reads进行比对,生产SAM文件。在做转录组数据分析前,会过RNA-seq数据中的tRNA等序列,常常使用bowtie2进行过滤。 「Bowtie2的使用手册」 Bowtie 2:(https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml#how-is-bowtie-2-different-from-...
使用它首先需要对参考基因组构建索引 【注意这里是基因组而不是参考转录组,因为它的BWA一样,是为基因组测序而生;如果是要比对参考转录组,那么就考虑hisat2吧】 关于索引有两种获得方法: 官网下载:提供了人、小鼠、大鼠的索引下载 官网下载 自己构建:其实自己下载好参考基因组后,自己构建也是很方便的。只需要指定三...
nextflowstarhisat2bwabowtie2minimap2nucmergraphmap2 UpdatedOct 21, 2024 Nextflow PriyaLakr/NGS_DataAnalysis Star2 Some scripts to make your bioinformatics analyses reproducible and a bit easy 🤓 alignmentbowtie2mafftfasta-files UpdatedJun 6, 2021 ...
代码语言:javascript 复制 bowtie2-x $index-U$id|samblaster-e-d $sample.disc.sam-s $sample.split.sam|samtools view-Sb->$sample.clean.bam 当然,也可以使用bwa啦,如下: 代码语言:javascript 复制 #自动输出discordant read pairs和split read alignments:bwa mem<idxbase>samp.r1.fq samp.r2.fq|samblas...
【注意这里是基因组而不是参考转录组,因为它的BWA一样,是为基因组测序而生;如果是要比对参考转录组,那么就考虑hisat2吧】 关于索引有两种获得方法: 官网下载:提供了人、小鼠、大鼠的索引下载 官网下载 自己构建:其实自己下载好参考基因组后,自己构建也是很方便的。只需要指定三个参数:一个线程数,一个参考基因组...
conda install-c bioconda hisat2 conda install-c bioconda bowtie conda install-c bioconda bowtie2 conda install-c bioconda bwa 2 构建基因组索引文件 2.1 Hisat2 hisat2-build -p 2 genome.fa genome hisat2-build不支持基因组以压缩文件的形式输入,运行完成后,生成8个后缀名为ht2的文件。
Bowtie2和Bwa是用于短reads的比对软件,bowtie2主要用于50-1000bp的reads进行比对,生产SAM文件。在做转录组数据分析前,会过RNA-seq数据中的tRNA等序列,常常使用bowtie2进行过滤。 image.png Bowtie2的使用手册 Bowtie 2:(https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml#how-is-bowtie-2-different...
【注意这里是基因组而不是参考转录组,因为它的BWA一样,是为基因组测序而生;如果是要比对参考转录组,那么就考虑hisat2吧】 关于索引有两种获得方法: 官网下载:提供了人、小鼠、大鼠的索引下载 官网下载 自己构建:其实自己下载好参考基因组后,自己构建也是很方便的。只需要指定三个参数:一个线程数,一个参考基因组...