ref=/home/genome/genome.fa bowtie2-build --threads 5 $ref hg19 有了参考索引,就能进行单端或者双端的比对 可能你会想,现在都是二代PE测序了,为什么还有单端的存在呢?但如果接触了Chipseq数据,就能看到大量的单端测序 #单端,其中 -p指定线程数 index=/home/genome/hg19 fq=/YOUR_PATH/ bowtie2 -p 5 ...
bowtie2-build reference.fa index-dir 耗时：比对：bowtie2 -x index-dir read1.fq read2.fq -S...
1、构建索引 bowtie2-build maizev4.fa maizev4 使用Bowtie 2 的bowtie2-build命令来构建一个maizev4基因组的索引。bowtie2-build是 Bowtie 2 中用于创建索引的工具,而 Bowtie 2 是一个用于短序列比对的快速、内存高效的工具。下面是这条命令的分析: bowtie2-build: Bowtie 2 中用于创建索引的命令。 ma...
bowtie2-build /home/pxy7896/Downloads/bowtie2/example/reference/lambda_virus.fa lambda_virus 结果:产生六个文件。(eg1,eg2,eg3是后面的) 可以使用预先建好的索引。 可以一次为多个文件建立索引,文件名之间用,分隔 Step 2:比对reads bowtie2 -x lambda_virus -U /home/pxy7896/Downloads/bowtie2/examp...
bowtie2-build--threads20human.fa human.fa 运行结束后,生成6个文件 比对 bowtie2命令 bowtie2[options]-x<bt2-idx>{-1<m1>-2<m2>|-U<r>}[-S<hit>] <文件>: -x<bt2-idx> 参考基因组(reference genome)通过bowtie2-build指令构建的Index文件 ...
-x <bt2-idx>:由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀(去掉了.X.bt2)。 -1 <m1>:双末端测序对应的文件1。可以为多个文件,并用逗号分开,中间没有空白;多个文件必须和 -2 <m2> 中制定的文件一一对应。比如-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq -2 flyA_2.fq,flyB_2.fq。 测序文件中的reads的长度可以不一...
同时你也可以通过如下的Bowtie2-build的命令来⾃⼰建⽴索引，此外，你还可能使⽤FASTA格式的基因组索引⽂件（后⾯介绍的GTF格式的⽂件），这也可以在前⾯介绍的⽹站中得到。如果下⾯你要利⽤HTSeq进⾏定量，那么选⽤Ensembl数据库的数据是个很好的选择，因为Ensembl数据库的GTF⽂件格式与HT...
(前缀即bowtie2-build指定的前缀,.1.bt2/.2.bt2前面的内容)foriin$(cat file.txt);do# 核糖体 RNA 过滤bowtie2-p60-x$INDEX_PATH_rRNA--un-conc-gz../bowtie2/${i}_no_rRNA.fq.gz-1${i}_1_trimmed.fq.gz-2${i}_2_trimmed.fq.gz-S../bowtie2/${i}_rRNA.sam# 线粒体 DNA 过滤...
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz tar -zxvf chromFa.tar.gz cat *.fa > mm10.fa bowtie2-build mm10.fa mm10 运行bowtie2 获取 SAM 文件 bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x mm10 -1 example_1.fastq -2 example_2.fastq -S SRR3208744.sam ...
(bowtie2-build <ref> <prefix>)## 双端测序:-1后接Read1文件,-2后接Read2序列文件,可以是gz或bz2压缩文件## 单端测序:-U后接SE测序文件## -S 输出为sam文件,后接sam文件名bowtie2[options]* -x <bt2-idx>{-1 <m1> -2 <m2>|-U <r>}[-S <sam>]<bt2-idx> Index filename prefix(...