使用conda install -c bioconda bowtie2安装成功后,在用bowtie2-build构建索引时,出现报错 bowtie2-build-s_undefinedsymbol_ _ZN3tbb10interface78internal15task_arena_base19internal_initializeEv 我安装指定版本的tbb可以解决我的问题。 condainstalltbb=2020.2 参考:Conda version does not work with most recent...
近日在本地电脑上运行bismark时,出现了奇奇怪怪的报错,虽然最后的解决办法是重装bowtie2,但还是记录一下错误类型和在哪里获取的bowtie2是完好无损的。 【报错过程】 在进行bismark_genome_preparation步骤时 报错内容 进一步发现,不是bismark的问题,而是bowtie2里面bowtie2-build的问题,在试图原地解决无效后,我们选择...
使用conda安装bowtie2遇到undefined symbol报错 /public/home/xuzhougeng/miniconda3/envs/bsseq/bin/bowtie2-build-s: symbol lookup error: /public/home/xuzhougeng/miniconda3/envs/bsseq/bin/bowtie2-build-s/public/home/xuzhougeng/miniconda3/envs/bsseq/bin/bowtie2-build-s: undefined symbol: _ZN3tb...
你的截图里面只是显示了参数的设置，实际上输出到屏幕的log信息是很长的，看它最终有没有报错。以及最终...
你的截图里面只是显示了参数的设置，实际上输出到屏幕的log信息是很长的，看它最终有没有报错。以及最终...
# Building a large indexbowtie2-build --large-index example/reference/lambda_virus.fa example/index/lambda_virus 输出文件的后缀为.bt2l. 比对 比对的过程是将 read 和 genome reference 对齐的过程,如下图所示 Read: CTGGCCGATCTCGACTT ||| ||| | Reference: ...
hivesql 迁移spark3.0 sparksql报错如Cannot safely cast '字段':StringType to IntegerType的问题 2019-12-25 19:58 −一 问题 hivesql可以正常运行,spark3.0运行报错如图 spark3.0配置 查看源码新增一个 val STORE_ASSIGNMENT_POLICY = buildConf("spark.sql.storeAssignmentPolicy"... ...
Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。模板最小尺寸不能小于1024碱基,而短序列最长而不能超过1024碱基。换言之,bowtie非常适合下一代测序技术。 在 使用bowtie前,需要使用bowtie-build来构建比对模板。
# Building a large indexbowtie2-build --large-index example/reference/lambda_virus.fa example/index/lambda_virus 输出文件的后缀为.bt2l. 比对 比对的过程是将 read 和 genome reference 对齐的过程,如下图所示 Read: CTGGCCGATCTCGACTT ||| ||| | Reference: ...