bowtie2 Linux安装 目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安装。 如上图所示,bowtie2-2.3.2-source.zip为源代码,需要用gmake安装,此时,如果系统版本低,没有libTBB的话,可以选择不使用这个库编译 命令是: unzip...
一般,帮助文档出来就说明软件安装成功 # 通过绝对路劲执行软件(不加任何参数,就会打印帮助文档) shiyanlou:bowtie2-2.4.5-linux-x86_64/ $ /home/shiyanlou/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64/bowtie2 No index, query, or output file specified! Bowtie 2 version 2.4.5 by Ben Langmead (...
安装 Bowtie2 在 Linux 或 macOS 系统中，可以使用 Conda 进行安装：conda install -c bioconda bowti...
~/biosoft/bowtie2$ wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.5.1/bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64.zip/download 解压文件 $ unzip bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64.zip 下面把bowtie2写入bashrc,以便以后随便哪个目录都可以调用 vim ~/.bashrc 最后一行加入 export PATH="$PATH...
方法一:使用源码安装 # 下载安装包 wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.5.4/bowtie2-2.5.4-sra-linux-x86_64.zip/download # 解压安装包 unzip bowtie2-2.5.4-sra-linux-x86_64.zip # 跳转到解压后目录,并获取其路径 ...
1. Conda 安装 conda install -y bowtie2 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) :Conda 安装使用图文详解 2. 传统安装 下载 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 在Linux系统下将上述的链接下载到本地 ...
分别解压下载的那2个文件,打开linux terminal (我用的是Linux Mint, 64 bit), 让terminal进入解压后的某一个目录,比如bowtie2-2.1.0, 运行“make”。 若编译没有异常,编译好以后分别运行: chmod 777 bowtie2 ./bowtie2 若没有问题,会显示出bowtie2的使用信息。
2022-11-15 您好,请问windows系统该怎么安装和使用呢? 猫腻需要更多的学习 UP :目前似乎只支持linux和macos,所以这里使用的是 安装虚拟机 linux系统来操作的您可以下载笔记开头提到的软件VMware Workstation,并在里面的虚拟机上安装一个linux系统,推荐使用bioconda来管理下载bowtie2等应用程序打开...
从download中下载,选择适合自己操作系统的版本。现有的bowtie2基本上支持所有的操作系统。在linux等操作系统下安装之后可以添加环境变量,一边方便之后的使用。 bowtie2对匹配质量的评价: 1.Socres:越高则相似度越大 score值是根据序列和参考序列的相似程度决定的,决定该值大小的因素有很多:选择的匹配的模式,序列的长...
例如:使用conda install seqtk或conda create --name seqtk seqtk安装seqtk包。