命令是: unzip bowtie2-2.3.2-source.zip 解压安装包 gmake NO_TBB=1 编译安装 对于下面两个,只需解压缩即可使用: unzip bowtie2-2.3.2-linux-x86_64.zip unzip bowtie2-2.3.2-legacy-linux-x86_64.zip 随后添加环境变量: #bowtie2 export PATH=/home/user/Programs/bowtie2-2.3.2-***:$PATH 即...
1、下载安装包 sudo wgethttps://jaist.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.3.4.1/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip 解压后进入安装目录 unzip bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip 2、进入解压文件夹,测试bowtie2是否安装成功: cd bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/ ./bowtie2 3.3 配置...
一般,帮助文档出来就说明软件安装成功 # 通过绝对路劲执行软件(不加任何参数,就会打印帮助文档) shiyanlou:bowtie2-2.4.5-linux-x86_64/ $ /home/shiyanlou/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64/bowtie2 No index, query, or output file specified! Bowtie 2 version 2.4.5 by Ben Langmead (...
~/biosoft/bowtie2$ wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.5.1/bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64.zip/download 解压文件 $ unzip bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64.zip 下面把bowtie2写入bashrc,以便以后随便哪个目录都可以调用 vim ~/.bashrc 最后一行加入 export PATH="$PATH...
方法一:使用源码安装 # 下载安装包 wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.5.4/bowtie2-2.5.4-sra-linux-x86_64.zip/download # 解压安装包 unzip bowtie2-2.5.4-sra-linux-x86_64.zip # 跳转到解压后目录,并获取其路径 ...
1. Conda 安装 conda install -y bowtie2 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) :Conda 安装使用图文详解 2. 传统安装 下载 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 在Linux系统下将上述的链接下载到本地 ...
分别解压下载的那2个文件,打开linux terminal (我用的是Linux Mint, 64 bit), 让terminal进入解压后的某一个目录,比如bowtie2-2.1.0, 运行“make”。 若编译没有异常,编译好以后分别运行: chmod 777 bowtie2 ./bowtie2 若没有问题,会显示出bowtie2的使用信息。
安装bowtie2: 直接下载bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip,解压,修改环境路径即可 (设置环境路径请自行百度,或者参考这个http://www.cnblogs.com/pxy7896/p/5886305.html) Scores: 更高分=更相似 --ma :match bonus --mp :mismatch penalty --np :penality for having N in either the read or the ref ...
ps:计算机小白先是不理解什么是环境,接着用vim误操弄的所有命令全都用不了只好重装系统(至今不知道是啥原因只知道.bashrc很重要不能瞎改),总算是成功装载上了,各种参数完全不知道是啥意思,慢慢研究…… 水平有限,问就是不会。 Linux生信bowtie2 分享至 投诉或建议 评论8 赞与转发 目录 6 1 8...
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