如果该物种有建好的index(比如人的),可从官网上下载http://bowtie-bio./bowtie2/index.shtml。 如果没有,需要自己构建。 先下载准备好该物种的基因组的 fastq 文件。 此处使用 bowtie2 的 example 里的 lambda virus 的 genome 文件 lambda_virus.fa 输入如下命令可以建立索引 # Building a small indexbowti...
如果该物种有建好的index(比如人的),可从官网上下载http://bowtie-bio./bowtie2/index.shtml。 如果没有,需要自己构建。 先下载准备好该物种的基因组的 fastq 文件。 此处使用 bowtie2 的 example 里的 lambda virus 的 genome 文件 lambda_virus.fa 输入如下命令可以建立索引 # Building a small indexbowti...
官网:http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml Github:https://github.com/BenLangmead/bowtie2/releases 下载对应平台的安装包安装即可。 源码编译安装 官方说明Building from source 至少需要先装好zlib库 输入如下命令 cd~ gitclonehttps://github.com/BenLangmead/bowtie2cdbowtie2 make make...