1. 准备需要建立索引的参考序列 首先,确保您有一个或多个参考序列文件,通常是FASTA格式(以.fa或.fasta为后缀),例如基因组序列。 2. 打开终端或命令行界面 打开您的终端(Linux/macOS)或命令提示符/PowerShell(Windows,可能需要使用Cygwin或WSL)。 3. 使用bowtie-build命令建立索引 在命令行中,使用bowtie-build命...
（1）建立索引：bowtie-build reference.fa index-dir 注意：bowtie建立的索引bowtie2是无法使用的 （...
2.1 创建bowtie2的index索引 bowtie2-build [options]* <reference_in> <bt2_index_base> 「操作:」 bowtie2-build --threads 30 Sl.fa Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index 「参数:」 -threads 运行线程数量 --large-index 使用较大的索引。一般情况下基因组大于4G的时候,考虑使用大索引。 2.2 Bowtie2...
建立索引。bowtie2-build是bowtie2建立索引的常用的指令， -f指定要索引文件后，再给予索引的名称。参考基因组通过bowtie2-build指令在Index文件中的索引文件的前缀，此前缀不包含索引文件的.1.bt2/.rev.1.bt2/etc.bowtie2等。
1.软件安装 2 构建基因组索引文件 2.1 Hisat2 hisat2-build不支持基因组以压缩文件的形式输入,运行完成后,生成8个后缀名为ht2的文件。 使用帮助 2...
建立bowtie2索引:cd~/software/reference/GRCh38_bowtie2/# 索引存放目录### hg38 index/home/username/software/bowtie2/bowtie2-2.5.3-linux-x86_64/bowtie2-build hg38.fa hg38# bowtie2-build命令在安装bowtie2的目录下找到# 第一个hg38.fa代表输入的参考序列,第二个hg38代表输出的索引文件前缀#...
1.建立索引 bowtie2-build -f Trinity.fasta trans (Trinity.fasta为转录组数据文件、trans为命名的索引文件夹名称) 2.比对 bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x trans -U /data/trans_file/SRR21815378.fastq -S example.sam 即可得到的sam文件
#bowtie2-build 构建参考基因组索引文件 $bowtie2-build hg19/hg19.fa hg19/hg19 Settings: Output files: 'hg19/hg19.*.bt2' Line rate: 6 (line is 64 bytes) Lines per side: 1 (side is 64 bytes) Offset rate: 4 (one in 16) FTable chars: 10 ...
Step 1:建索引 新建文件夹,在新文件夹下运行, bowtie2-build /home/pxy7896/Downloads/bowtie2/example/reference/lambda_virus.fa lambda_virus 结果:产生六个文件。(eg1,eg2,eg3是后面的) 可以使用预先建好的索引。 可以一次为多个文件建立索引,文件名之间用,分隔 ...
(1) 建立索引 bowtie-build GENOME.fa GENOME bowtie2-build species.fa species 产生六个索引文件。注意,bowtie和bowtie2的索引不通用。 索引文件也可以直接从官网下载:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/bowtie_indexes/或ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/bowtie2_indexes/。