bowtie2-build --threads 4 ./GRCh38.p14.genome.fa ./bowtie2_38/GRCh38 --threads #设定线程 ./GRCh38.p14.genome.fa #输入文件;这里是人类GRChg38参考基因组文件 ./bowtie2_38/GRCh38 #输出文件路径及输出文件前缀;这里设置的输出前缀是GRCh38 ##构建索引一般比较慢,以GRCh38为例,4个线程,耗时 ...
1,对lambda_virus.fa建立索引值 cd/sam/bowtie2/example/myindex/sam/bowtie2/bowtie2-build/sam/bowtie2/example/reference/lambda_virus.fa lambda_virus#将会生成以lambda_virus开始名字,后缀为`.1.bt2`, `.2.bt2`, `.3.bt2`, `.4.bt2`,`.rev.1.bt2`,and`.rev.2.bt2`.的六个文件;bow...
2,如果你的计算机有多个CPU或者CPU内核,那么请使用-p参数。-p参数会让bowtie进入多线程模式。每一个线程都会使用单独的CPU或者CPU内核。这种并行的运算模式也会大大加快运算速度。 3,如果你的报告文件中每条短序列都有太多的匹配位点(超过10)那么你可以试着重新使用bowtie-build加上 –offrate参数,如bowtie-build ...
-p参数会让bowtie进入多线程模式。每一个线程都会使用单独的CPU或者CPU内核。这种并行的运算模式也会大大加快运算速度。 如果你的报告文件中每条短序列都有太多的匹配位点(超过10)那么你可以试着重新使用bowtie-build加上 –offrate参数,如bowtie-build –offrate 4。-o/–offrate默认值为5,每下降1,比对速度会...
在使用 Bowtie2 进行比对之前，需要构建参考基因组的索引。命令如下：bowtie2-build reference_genome.fa...
如果你的计算机有多个CPU或者CPU内核，那么请使⽤-p参数。-p参数会让bowtie进⼊多线程模式。每⼀个线程都会使⽤单独的CPU或者CPU内核。这种并⾏的运算模式也会⼤⼤加快运算速度。如果你的报告⽂件中每条短序列都有太多的匹配位点（超过10）那么你可以试着重新使⽤bowtie-build加上 –offrate参数，...
如果你的计算机有多个CPU或者CPU内核,那么请使用-p参数。-p参数会让bowtie进入多线程模式。每一个线程都会使用单独的CPU或者CPU内核。这种并行的运算模式也会大大加快运算速度。 如 果你的报告文件中每条短序列都有太多的匹配位点(超过10)那么你可以试着重新使用bowtie-build加上 –offrate参数,如bowtie-build –...
bowtie2-build mm10.fa mm10 运行bowtie2 获取 SAM 文件 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制Cloud Studio 代码运行 bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x mm10 -1 example_1.fastq -2 example_2.fastq -S example.sam 这行命令表示使用–local的比对模式,使用 mm10 的索引;这里是双末端测序,所以将...
对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam使用8个线程进行比对bowtie2 -p 8 -x index -1 reads1.fq -2reads2.fq -S out.sam比对的sam结果中添加了read group信息bowtie2 -p 8...
$ bowtie2-build genome.fasta index 尝试使用前10000个reads进行比对 $ bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1 reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam 使用8个线程进行比对 $ bowtie2 -p 8 -x index -1 reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam 比对的sam结果中添加了read group信息 $ bowtie2 ...