大概意思是-max_target_seqs和-num_alignments是功能是一样的,只是针对不同的输出格式。当-outfmt小于等于4时使用-num_alignments,当-outfmt大于4时,使用-max_target_seqs。 感觉不太对,如果是这样的话NCBI根本就没有原因设置两个参数来完成这个目的。 2.3 测试 在当前目录下新建两个文件夹 -max_target_seqs、nu...
.SHELL= /bin/bashFASTQ= test_1.fastq.gz test_2.fastq.gzDB= hiv.fastaresults.sam: ${FASTQ} {DB}.nin docker run --rm -a stdout -v${PWD}:/data guyduche/fastq2fasta${FASTQ}|\blastn -db${DB}-num_threads 4 -word_size 8 -outfmt 5|\docker run --rm -i -a stdin -v${PWD}:...
listdir(path) # 读入文件夹 file_num = len(files) # 统计文件夹中的文件个数 # 逐个进行blast already_count = 0 while already_count < file_num: already_count += 1 # 进行blast print(f"{files[already_count]} start") fasta_string = open(rf"{o}\result\{files[already_count]}" ).read...
[-num_descriptions int_value] [-num_alignments int_value] [-line_length line_length] [-html] [-sorthits sort_hits] [-sorthsps sort_hsps] [-max_target_seqs num_sequences] [-num_threads int_value] [-mt_mode int_value] [-remote] [-version] DESCRIPTION Nucleotide-Nucleotide BLAST 2.15...
BLASTN参数研究记之max_hsps 最近频繁使用到BLASTN,BLASTN有很多参数。有一些显而易见的参数,例如: -query -out -outfmt -db 也有一些参数不那么常用,今...
blastn -query test_query.fa -db refseq_rna -task blastn -dust no -outfmt 7 -num_alignments 2 -num_descriptions 2 ``` -task 规定搜索采用的策略:可选为'blastn' 'blastn-short' 'dc-megablast' 'megablast' 'vecscreen'. 默认为`megablast' 例子2: 常用的格式: blastn -db database_name -...
-num_alignments -word_size -dust -gapopen -gapextend -penalty -reward 3. 进行blastn之前先执行makeblastdb,参数说明如下: -in 后接输入文件,你要格式化的fasta序列 -dbtype 后接序列类型,nucl为核酸,prot为蛋白 -title 给数据库起个名,好看~~(不能用在后面搜索时-db的参数) ...
[-num_alignments int_value] [-html] [-max_target_seqs num_sequences] [-num_threads int_value] [-remote] [-version] DESCRIPTION Nucleotide-Nucleotide BLAST 2.2.23+ OPTIONAL ARGUMENTS -h Print USAGE and DESCRIPTION; ignore other arguments ...
[-outfmt format] [-show_gis] [-num_descriptions int_value] [-num_alignments int_value] [-html] [-max_target_seqs num_sequences] [-num_threads int_value] [-remote] [-version] DESCRIPTION Nucleotide-Nucleotide BLAST 2.2.23+ blastn.exe -task blastn-short -db test -query interest.fa...
1)-num_alignments 2)-max_target_seqs 3)-num_descriptions 4)-max_hsps 这个4个命令有时容易搞混,在使用时每个都一次就可以区分,这里ChatGPT讲的还是比较详解。 3. 控制输出的格式(默认是-outfmt 6) 输出结果直接影响着我们如何看比对结果。 这里是一个blastn的输出结果一共12列,看一下每一列代表着什么...