点击Algorithm parameters,可以展开BLAST的参数。Max target sequences:最多输出比对到的序列数目,根据实际需要设置;Expect threshold:E值,一般设置1e-5。设置完成后点击BLAST即可。 4,blast结果。在blast结果的描述区域(Descriptions)中:Query Cover:代表你的序列有多少比对到数据库中了。E value:表示随机匹配的可能性...
Word size(单词长度):默认为3,对BLASTP而言,大的单词长度会得到更精确的搜索结果。 Max matches in a query range(查询区域内的最大匹配数):有时在感兴趣区域内的匹配会被其他区域出现的频繁匹配所掩盖,这个选项允许抛弃数据库中的冗余匹配。 2.2 scoring parameters(得分参数) Matrix(矩阵):对于BLASTP,共有8个...
不仅仅是-max_target_seq 于是这几天又爆另一个参数,比如你们更多使用的evalue 喜闻乐见! 极少人真正去了解一个工具,然后才使用这个工具。 尤其是多数自认为是在做生物信息数据分析的人。 Blast manual其实写的很清楚 参数是分为: 性能参数:控制比对过程 报告参数:过滤比对结果 很多人根本就没有搞清楚,两者的区...
--outfmt/-f ###输出格式,这里常用的有两种,格式6的tabular分隔形式和格式5的XML格式。 --max-target-seqs/-k ###报告的每个比对查询的最大目标序列数 --evalue/-e ###输出报告中的e-value 值 运行diamond时候,遇到的常见问题: 1. Diamond适合并行运行多个蛋白质fasta的比对吗? 建议不要同时运行多个DIAMON...
-gapextend <int>:设置扩展一个gap(间隙)的惩罚分数。默认值为2。 -max_target_seqs <int>:设置从数据库中返回的最大比对序列数。默认值为500。 -perc_identity <float>:设置比对结果中的最低相似度百分比。默认值为0。 好了今天的blast就讲到这里,欢迎大家有问题与小果一起讨论哦～...
diamond blastp --db nr --outtest_pep_vs_nr.out--outfmt 6 qseqid qlen sseqid slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids sscinames salltitles --query test_pep.fa --max-target-seqs 1 --evalue 1e-5 --max-hsps 1 --threads 45 --block-size...
Max target size是指扩增产物的最大值,因为qPCR的扩增时间较短,太长的产物是扩增不出来的,所以Primer-BLAST默认认为最大的扩增产物大小不超过4000,超过这个值非特异性产物Primer-BLAST会忽略掉。 Allow splice variants是指允许Primer-BLAST将不同转录变体的产物,都当作正确的目的产物,比如我的目的基因有3个转录变体,...
#blastp参数cat pepid|whileread iddoblastp-db pep/$id.fa \-query sorted.fasta \-out bp/$id.bl \-evalue1e-10\-best_hit_overhang0.25\ #-perc_identity0.5\-perc_identity0.5\-max_target_seqs5\-num_threads10-outfmt6#-outfmt"6 qacc sacc evalue pident length qstart qend sstart send"#...
6、sing Megablast (Opdmiz& for highly similar sequences) 0Show results in a n&w windowMale: Parameter values that(IifftG enBcaL-ParAOietersMax target sequences显示的最大结果数ma4imD#ri number of aligned sequencesto display &Short iueriesFiltermask0 Automatically adjust prmfters for short inpu...
点击“Algorithm paramerters"设置详细参数: 点击运行后,结果如下图,请注意数据库的名字和说明,如果不合适,请迷途知返哦~ Blast 的结果显示图:颜色比例尺,可以简单的理解为红色的线表示有较好的比对结果。 Blast 结果的描述区域, Max Score:匹配片段越长、 相似性越高则 Score 值越大。