diamond作为一个和BLAST具有相似功能的软件,具有以下特点: 比BLAST快500到20,000倍 长序列的移框联配分析(frameshift alignment) 资源消耗小,普通台式机和笔记本都能运行 输出格式多样 软件的安装很简单,以下是具体命令: wgethttp://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.25/diamond-linux64.tar.gz...
1. 软件安装 1.1 blast 下载安装 下载 在blast下载网址下载Windows版本的安装包,如下图所示 网址:ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl 安装 下载后,直接选择双击安装即可,安装至想安装的文件夹(建议不要安装在中文路径下)。我的安装路径D:\software\blast。 安装完成 安装好后可以去看一下安装目录的文件夹下,有 bin,db...
使用如viroBLAST和Sequenceserver(http://www.sequenceserver.com)软件包,用户可以建立一个简易的进行BLAST...
其存在已经被预测,但是缺乏体内表达的实验证据的蛋白质。这些蛋白质序列大多数是从基因组DNA测序的计算分析推断而来的,并在基因组分析过程中由基因预测软件产生。 1.2Unnamed protein product未命名蛋白 通常用于描述那些已经被实验手段检测出来,但尚未被命名或功能尚未明确的蛋白质产物。这些蛋白质可能是通过基因测序、蛋白...
一、软件安装 使用conda安装 代码语言:javascript 复制 conda install blast 二、blast类型 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 代码语言:javascript 复制 1.用makeblastdb为BLAST提供数据库2.选择blast工具,blastn,blastp3.运行工具,有必要的还可以对输出结果进行修饰 ...
接下来就可以运行软件进行序列比对。首先我们要有研究的物种的基因序列文件,可以是核酸序列,也可以是氨基酸序列;同时要有已知的同源基因。为了方便演示,这里我们用的是拟南芥的Myb家族的AtMyb75基因序列。 >AtMyb75 MEGSSKGLRKGAWTTEEDSLLRQCINKYGEGKWHQVPVRAGLNRCRKSCRLRWLNYLKPS ...
Blast软件介绍 blast软件及常用数据库介绍 BLAST软件及常用数据库介绍 制作人:范燚 BLAST的概述: Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即“基于局部比对算法的搜索工具” ,能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,具有较快的比对速度和较高的比对精度,适用于多种序列比对的情况,在常规双序列比对...
1、Blast软件及常用数据库的具体介绍Blast软件及常用数据库的具体介绍22021-8-2BLAST的概述: Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即“基于局部比对算法的搜索工具” ,能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,具有较快的比对速度和较高的比对精度,适用于多种序列比对的情况,在常规双序列比对分析...
常用生物信息学软件BLAST