使用如viroBLAST和Sequenceserver(http://www.sequenceserver.com)软件包,用户可以建立一个简易的进行BLAST...
Searches may be customized with many additional parameters. BLAST has many subtle functions that most users never need. 一、软件安装 使用conda安装 代码语言:javascript 复制 conda install blast 二、blast类型 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 代码语言:javascript 复制 1.用makeblastdb为BLAST提供数...
BLAST软件是一款基于局部比对算法的搜索工具软件,是生物信息学常用的工具软件,可将输入的核酸或蛋白质序列与数据库中的已知序列进行比对,获得序列相似度等信息,从而判断序列的来源或进化关系。程序可将输入的核酸碱基或蛋白质氨基酸序列与数据库中的已知来源序列进行比对。blast软件是用来做什么 BLAST全称Bas...
首先需要建库,就是对一个物种的基因序列构建一个数据库。 ##建库用到的指令是makeblastdb,可以通过makeblastdb -help查看这个指令的用法 makeblastdb -help #输入以下指令后回车 makeblastdb -in tea.pep.fa -dbtype prot #其中,-in 需要接的是物种的基因组文件名称,-dbtype 接的是这个数据库是核酸序列还是...
blast软件及常用数据库介绍 BLAST软件及常用数据库介绍 制作人:faneds BLAST的概述: Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即“基于局部比对算法的搜索工具” ,能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,具有较快的比对速度和较高的比对精度,适用于多种序列比对的情况,在常规双序列比对分析中应用最...
blast软件及常用数据库介绍 BLAST软件及常用数据库介绍 制作人:faneds BLAST的概述: Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即“基于局部比对算法的搜索工具” ,能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,具有较快的比对速度和较高的比对精度,适用于多种序列比对的情况,在常规双序列比对分析中应用最...
生信软件 | Blast (序列比对) Blast是NCBI出品的序列比对软件,详细介绍看图:
blastx-query selected.fa-db~/DATA/M.truncatula/Analysis_data/UniprotKB/SwissProt_blastdb-evalue1e-5-outfmt6-outblastx.csv#blast中不同软件的比对参数不同,请将其分开 3 Blast结果文件解读 MSTRG.32.1sp|Q2EF88|YSL3_ARATH72.110545149259022211246660.0769MSTRG.32.1sp|Q2EF88|YSL3_ARATH62.857105390243557211255...
常用生物信息学软件BLAST
Blast软件介绍 blast软件及常用数据库介绍 BLAST软件及常用数据库介绍 制作人:范燚 BLAST的概述: Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即“基于局部比对算法的搜索工具” ,能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,具有较快的比对速度和较高的比对精度,适用于多种序列比对的情况,在常规双序列比对...