单细胞数据聚类和可视化可以使用工具包如Seurat进行单细胞数据的聚类和可视化。聚类可以将单细胞分为不同的...
例如用R包Seurat,根据PCA空间中的欧式距离构造KNN 图,然后基于其局部邻域中的共享重叠来细化任意两个细胞之间的距离权重。最后根据参数优化模型。 书里推荐 scran的pipeline+rank-based weight+igraph包的walktrap算法或者 Seurat 的pipeline +基于Jaccard-based weight+Louvain 进行聚类 最后通过clusterModularity() 函数,...
主要是import package、author的格式 参考:https://github.com/satijalab/seurat/blob/master/DESCRIPTION gitdoc自动生成文档 每次运行之前记得备份namespace文件,会自动覆盖。 1 Rscript -e"devtools::document()"&&cd.. && R CMD Rd2pdf iterbi &&mviterbi.pdf iterbi &&cditerbi 测试【check之前必须移除无关...
seurat.obj[["SingleR.labels"]] <- singler.results$labels # Or if `method="cluster"` was used: seurat.obj[["SingleR.cluster.labels"]] <- singler.results$labels[match(seurat.obj[[]][["my.input.clusters"]], rownames(singler.results))]...
(Hadamard product) of every pairwise combination of Fold Changes between a source cluster i of sample/dataset n and all the target clusters j in sample/dataset m License: Artistic-2.0 Encoding: UTF-8 Import: igraph, ggplot Suggests: knitr, rmarkdown, Seurat, SingleCellExperiment RoxygenNote:...
install.packages("BiocManager") 安装源自Bioconductor的包:BiocManager::install();其中BiocManager是管理下载Bioconductor包的包,::表示引用该包的函数,install()就是下载包的函数。 代码语言:javascript 复制 BiocManager::install("SingleCellExperiment") 所以安装包之前的第一步就是要判断该包来自CRAN库还是Bioconductor...
专属于六倍体小麦的注释包。 此注释包是基于iwgsc_refseqv1.1版本的基因号制作的,GO注释来源于 https://doi.org/10.5281/zenodo.2541477。 制作好的注释包已上传至github,可以使用下面的代码安装。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 ...
在过去的几年里,分析scRNA-seq的方法数量激增,现在有超过200个可用的软件工具。每个工具都需要选择如何存储和表示分析期间使用的数据。在Keegan Korthauer的帮助下,Davide Risso和Aaron Lun创建了singlecellexper包,试图将所使用的数据结构标准化。该软件包作为Bioconductor 3.6版本的一部分于2017年10月发布。由于我们最近...
例如用R包Seurat,根据PCA空间中的欧式距离构造 KNN 图,然后基于其局部邻域中的共享重叠来细化任意两个细胞之间的距离权重。最后根据参数优化模型。 书里推荐 scran的pipeline+rank-based weight+igraph包的walktrap算法或者Seurat的pipeline +基于Jaccard-based weight+Louvain 进行聚类 ...
install.packages("knitr") library(knitr) install.packages("tinytex") tinytex::install_tinytex() 走了很多弯路,最后这个解决了,字体的原因。【不要用MacPort,Mac就用Brew】 1 2 3 4 5 6 7 8 # LaTeX tools like pdflatex brew caskinstallbasictex ...