devtools::install_local("OptiLCMS-master.zip") #安装在线GitHub包devtools::install_github("xia-lab/MetaboAnalystR", build = TRUE, build_vignettes = TRUE, build_manual =T) #安装bioconductor包BiocManager::install("***") 2021-10-16 回复喜欢 阿湘 作者 遇到问题:无法打开URL'mirrors.tuna....
安装R,并启动R。> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") > biocLite()Using R version 2.10.0 (R-devel), biocinstall version 2.5.5. Installing Bioconductor version 2.5 packages: [1] "affy" "affydata" "affyPLM" "annaffy" [5] "annotate" "Biobase" "biomaRt" "Biostrings" [9] "Dyn...
#'方法一 在线模式install.packages("githubinstall")library(githubinstall)githubinstall("包的github子路径名字")library(devtools)devtools::install_github("包的github子路径名字")#'方法二 离线模式install.packages("xx.gz",repos=NULL)library(devtools)devtools::install_local("xx.zip") 在线模式的关键是找到...
BiocManager::install("httr",force=TRUE) library(httr)安装pingr BiocManager::install("pingr") libr...
>install.packages("包名称")#选择镜像点 2.本地安装: 1 >install.packages("包文件的完整路径“) Bioconductor包的下载和安装: Bioconductor是以R为基础的生物软件包。 1 2 3 >source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) #biocLite.R是Bioc包的安装脚本,每次安装bioc包之前,都需要运行该脚本。
local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/" options(repos=r)})报错类型2:package ‘XXX’ is not available (for R version X.X.X)解决这类报错常见思路:1、查看安装包名字有没有写错;2、版本是太新还是太旧,一般而言,都是版本太旧导致的;3、这个安装...
使用BiocManager中的install函数安装您需要的Bioconductor软件包。例如,要安装名为"limma"的软件包,可以使用以下命令: 代码语言:txt 复制 BiocManager::install("limma") 安装过程可能需要一些时间,取决于您的网络连接和软件包的大小。安装完成后,您可以使用library函数加载已安装的软件包: 代码语言:txt 复制 ...
为节约镜像站磁盘空间,清华源等也相应移除了这些文件。如果大家现在使用的R语言是 4.3 ,Bioconductor 版本是 3.18 ,那么使用 BiocManager::install 的时候可能会报错 Warning: unable to access index for repository *** ,cannot open URL *** 我们查看一下 :https://new.bioconductor.org/about/mirrors/官方网站...
local({r <>getOption('repos') r['CRAN'] <>'https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/' options(repos=r)}) 3、go基因富集分析 如果你的原始数据为ENTREZID格式,则不需要通过bitr转化,如果不是的话,需要通过bitr转化为ENTREZID格式。如果你不知道啥是ENTREZID和SYMBOL,见下面的例子。
#设置清华镜像（就近选择镜像），如果安装提示下载不了，重复运行设置镜像的代码哦 local({r <- get...