conda安装-c bioconda angsd包未找到错误 conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装、运行和管理软件包及其依赖关系。它是Python的一个常用工具,也可以用于其他编程语言。 在使用conda安装软件包时,如果出现"-c bioconda angsd包未找到"的错误,可能是因为没有添加bioconda的软件源。bioconda是一个专门用...
# https://www. 下载Linux python2.7 5.1 wget -c https://repo./archive/Anaconda2-5.2.0-Linux-x86_64.sh & bash Anaconda2-5.2.0-Linux-x86_64.sh # 安装过程同下面minicona 选择二、Miniconda安装 38Mb # 可选miniconda https:///miniconda.html wget -c https://repo./miniconda/Miniconda2-lates...
经过一系列准备工作，现在可以安装生物软件了。生物软件的安装方式多样，包括源代码编译、deb或rpm包、apt安装等。而我个人推荐的最理想的生物软件安装方案是bioconda。bioconda基于conda，一个强大的软件模块管理工具和执行命令。其核心功能在于管理和维护Python、R、Ruby、Lua、Scala、Java、JavaScript、C/C++...
- {{ compiler('c') }} host: - pip - python run: - python - xopen >=1.0.0 - dnaio >=0.5.0 - dataclasses >=0.7 # [py36] test: imports: - cutadapt commands: - cutadapt --version about: home: https://cutadapt.readthedocs.io/ license: MIT summary: Trim adapt...
20220519_生物信息平台搭建及生物信息软件安装 01 基础软件安装 基础软件安装 ===
conda install -c r r-essentials # 安装R,及80多个常用的数据分析包, 包括idplyr, shiny, ggplot2, tidyr, caret 和 nnet # 安装单个包 # conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot 1. 2. 3. 4. 获取帮助信息 conda -h # 查看conda可用的命令 ...
Bioconda B、类型差异：①Conda是一个管理系统和环境管理系统 ②Bioconda是一个channel 更新指定软件：卸载指定软件：创建环境 查看系统中已有的环境 删除某个环境(名为name的环境)参考：https://www.jianshu.com/p/9ce5f3c3af99 https://www.cnblogs.com/zjutzz/p/11871266.html ...
ubuntu-latest soon will be re-linked to ubuntu-24.04 and this may lead to problems because it provides less pre-installed software See https://github.blog/changelog/2024-12-05-notice-of-upcoming-releases-and-breaking-changes-for-github-actions/#ubuntu-latest-upcoming-breaking-changes and actions...
# -n 指定安装环境 -c 指定下载通道 # conda install -n phylo -c etetoolkit ete3 ete3_external_apps # bioconda通道里面也有ete3, 下面的安装未指定具体通道,将在前面设定的几个通道里面按先后顺序查找安装 conda install -n phylo ete3 ete3_external_apps ...
wget /pub/software/scm/git/git-2.7.0.tar.gz tar xvf git-2.7.0.ta.gz cd git-2.7.0 ./configure prefix==/data2/gyd/git #configure是shell脚本,会检测平台的目标特征,例如是否安装cc,gcc,并生成Makefile,--prefix 可以特化安装路径 make #编译,从Makefile中读取指令,进行编译 make install #安装 ma...