首先使用Microsoft Edge打开BiNGO的网页:Cytoscape App Store - BiNGO(不是我对360浏览器有意见,这个浏览器打开真的下载不了插件安装包) 点击Download Download 获得BinGO.jar文件 打开D:\Program Files (x86)\cytoscap\Cytoscape_v3.10.0\apps 也就是你安装Cytoscape的位置,再打开apps文件夹,将BinGO.jar粘贴进去 打...
1. Cytoscape下载及安装Bingo 官网:https://cytoscape.org/,现在已经更新到3.8版本了,直接点击Download下载安装即可,过程就不再多介绍,没太大难度。 打开Cytoscape软件,点击选项栏“Apps”-“AppManager”,搜索“BinGO”,点击“Install”,就可以下载了。安装的过程可能会稍微有一点慢,请耐心等待一下。 2.参数设置 OK...
首先使用Microsoft Edge打开BiNGO的网页:Cytoscape App Store - BiNGO(不是我对360浏览器有意见,这个浏览器打开真的下载不了插件安装包) 点击Download Download 获得BinGO.jar文件 打开D:\Program Files (x86)\cytoscap\Cytoscape_v3.10.0\apps 也就是你安装Cytoscape的位置,再打开apps文件夹,将BinGO.jar粘贴进去 打...
1、先到https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/去下载python-igraph的whl文件,并安装; 2、检查自己是否安装了scipy包,如果没有,则安装上; 3、使用pip install py2cytoscape安装这个包。 在Cytoscape官网上下载安装包并安装,编写程序时则自动在Cytoscape中显示图... ...
这还真的不是我危言耸听,且看BiNGO的Cytoscape介绍页面 这俩链接已经404了 所以吧,任何使用上的问题,项目组统一不回复了。用户自求多福吧~ 当然了,之所以使用BiNGO的主要原因,还是为了一张看似酷炫(~~实则非常鸡肋~~)的GO富集图。 BiNGO画出来的富集图
生信干货~Cytoscape插件使用心得~BINGO篇 安装同前,这个我们不详细说了。用这个插件之前,我们先要打开一个PPI,然后打开BINGO插件。先定义Cluster nameBINGO提供了基于网络基因选择(Get Cluster from Network)或基因文本输入(Paste Genes from Text)的选择,我以网络基因选择为例子。我选择整个网络的基因,也可以选择部分感...
1. Cytoscape下载及安装Bingo 官网:https://cytoscape.org/,现在已经更新到3.8版本了,直接点击Download下载安装即可,过程就不再多介绍,没太大难度。 图片.png 打开Cytoscape软件,点击选项栏“Apps”-“AppManager”,搜索“BinGO”,点击“Install”,就可以下载了。安装的过程可能会稍微有一点慢,请耐心等待一下。
作为Cytoscape的插件,第一步要下载BiNGO插件,Cytoscape基础知识就不在这里普及了~~~ 第二步,导入生物网络,如下图,这是个很简单的PPI互作网络: 第三步,利用BiNGO对网络节点进行富集分析,首先在“Apps”中打开BiNGO插件,会弹出下面框框。这是个参数设置框,包括富集基因集选择、显著富集GO条目网络的名称、统计学检验的...
下面是cytoscape讲师的笔记 BiNGO插件 基因富集分析是我们做生物信息学最常用方法。一般有很多可分析的工具,网页版DAVID,R包clusterProfiler,pathfindR等等。各种工具都有不同的优缺点,而cytoscape的BiNGO插件呢,除了给出富集分析结果外,还会以网络图的形式展现出来,非常美观!
打开Cytoscape软件,点击选项栏“Apps”-“AppManager”,选择“BinGO”,点击“Install”,就可以下载了。可能会稍微有一点慢,请耐心等待一下。 下载完成后,在“Apps”的下拉菜单中就可以点击“BiNGO”来使用了。 第二, 准备相关文件。 首先,您手上必须要有很多需要做GO分析的基因,数量宜多不宜少,太少的话做富集分...