今天给cytoscape安装了BiNGO插件 首先使用Microsoft Edge打开BiNGO的网页:Cytoscape App Store - BiNGO (不是我对360浏览器有意见,这个浏览器打开真的下载不了插件安装包) 点击Download Download 获得BinGO.jar文件 打开D:\Program Files (x86)\cytoscap\Cytoscape_v3.10.0\apps 也就是你安装Cytoscape的位置,再打开app...
之后即可在自己软件App Store中查看到并使用 另外以下是一些常用的Cytoscape插件和扩展功能: cytoHubba插件:cytoHubba是一个用于识别关键基因和子网络的插件。它基于拓扑网络算法,可以根据节点在网络中的属性进行排名,并提供多种拓扑分析方法,如Degree、Betweenness、Closeness等。 BiNGO插件:BiNGO是一个用于基因本体分析的插件...
图12 网络风格设置及细节调整界面 图13 不同风格及网络输出形式展示 以上3个是Cytoscape最常用的插件,篇幅受限,还有一些推荐的插件没有办法详细介绍,大家可以自行尝试,例如GlueGO/BinGO插件可以在网络图中进行功能聚类富集分析,Wikipathway可以分析绘制蛋白信号通路图。 03 导出PPI网络图 完成蛋白互作网络的构建和美化后,...
首先使用Microsoft Edge打开BiNGO的网页:Cytoscape App Store - BiNGO(不是我对360浏览器有意见,这个浏览器打开真的下载不了插件安装包) 点击Download Download 获得BinGO.jar文件 打开D:\Program Files (x86)\cytoscap\Cytoscape_v3.10.0\apps 也就是你安装Cytoscape的位置,再打开apps文件夹,将BinGO.jar粘贴进去 打...
AgilentLiteratureSearch allows users to directly query published literature for PPIs and incorporate the results into a Cytoscape network. Apps such as BiNGO and ClueGO facilitate annotation of nodes and edges using Gene Ontology. Yet other apps provide layout and visualization algorithms that extend ...
In addition, BinGO is used to determine which Gene Ontology (GO) categories are statistically overrepresented in a set of genes or a subgraph of a biological network. CytoCluster can be easily expanded, so that more clustering algorithms and functions can be added to this plugin. Since it was...
以上3个是Cytoscape最常用的插件,篇幅受限,还有一些推荐的插件没有办法详细介绍,大家可以自行尝试,例如GlueGO/BinGO插件可以在网络图中进行功能聚类富集分析,Wikipathway可以分析绘制蛋白信号通路图。 03 导出PPI网络图 完成蛋白互作网络的构建和美化后,选择File-Export-Network to Image,就可以导出蛋白互作网络图片啦。
Edge打开BiNGO的网页：Cytoscape App Store - BiNGO（不是我对360浏览器有意见，这个浏览器打开真的下载...
以上3个是Cytoscape最常用的插件,篇幅受限,还有一些推荐的插件没有办法详细介绍,大家可以自行尝试,例如GlueGO/BinGO插件可以在网络图中进行功能聚类富集分析,Wikipathway可以分析绘制蛋白信号通路图。 03导出PPI网络图 完成蛋白互作网络的构建和美化后,选择File-Export-Network to Image,就可以导出蛋白互作网络图片啦。
以上3个是Cytoscape最常用的插件,篇幅受限,还有一些推荐的插件没有办法详细介绍,大家可以自行尝试,例如GlueGO/BinGO插件可以在网络图中进行功能聚类富集分析,Wikipathway可以分析绘制蛋白信号通路图。 03 导出PPI网络图 完成蛋白互作网络的构建和美化后,选择File-Export-Network to Image,就可以导出蛋白互作网络图片啦。