bHLH 转录因子 转录因子是RNA聚合酶起始转录需要的辅助因子。它的作用是识别DNA顺式作用位点或识别其他因子或识别RNA聚合酶。bHLH (basic helix-loop-helix)转录因子是真核生物中存在最广泛的一大类转录因子，通过特定的氨基酸残基与靶基因相互作用，进而调节相关基因的表达。碱性区域位于bHLH结构域的N端与HLH基序相邻...
近年来,全基因组测序技术得到很大的改进与发展,陆续鉴定出许多物种中的bHLH转录因子,丰富了该转录因子家族的体系构建。 bHLH转录因子已被证实在植物生长发育和抵抗非生物胁迫过程中不可或缺。一方面,bHLH转录因子在植物形态发育过程中发挥作用,...
背景:基本螺旋-环-螺旋(bHLH)转录因子参与植物生长发育、次生代谢和非生物胁迫响应,已在各种植物中进行了研究。尽管它们在植物生物学中的重要性,但在玫瑰(Rosa persica)中bHLH家族基因的作用和表达模式尚未确定。方法:本研究利用生物信息学方法系统地分析了R. persica的RbebHLH家族基因,并通过转录组和相关生理指标测量...
72个VnbHLH蛋白均定位于细胞核,推测藜芦bHLH转录因子在细胞核发挥调控功能。 3.3藜芦bHLH转录因子蛋白保守基序分析 对藜芦bHLH转录因子保守氨基酸Motif进行MEME SUITE分析(图2),共获得10个Motif:Motif 1(YIHVRARRGQATDSHSLAERVRREKIS- ERMKYLQELVPGCNK)、Motif 2(TGKASMLD- EI...
近日,来自瑞士FMI生物医学研究所的Nicolas H. Thomä研究组在Nature上发表了文章Cooperation between bHLH transcription factors and histones for DNA access,该文章研究了两种结构不同的bHLH转录因子是如何识别染色质化的E-boxes基序:原癌基因MYC-MAX(LZ结构域)和昼夜节律转录因子CLOCK-BMAL1(PAS结构域)。
为了进一步揭示生理状态下bHLH转录因子在染色质中识别E-boxes位点的机制,研究人员从果蝇胚胎提取物中重组了染色质,该染色质含有约33500个E-boxes基序,通过ChIP-seq分析转录因子的结合图谱。结果表明bHLH转录因子结合在核小体的近端,(1)其中CLOCK-BMAL1结合到核小体进出位点或附近的E-boxes基序,这些基序紧邻组蛋白八聚...
ROOTHAIRLESS (RHL)是一种典型的碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)转录因子(TF),已被报道参与植物生长的各个方面和对胁迫的反应。然而,RHL亚家族成员在毛竹(Phyllostachys edulis)中的功能仍然未知。 在本研究中,我们在毛竹中鉴定了14个bHLH基因(PeRHL1–PeRHL14)。
3.2藜芦bHLH转录因子家族成员鉴定 通过2次HMMER search搜索,去除差异较大序列(1e-20)共计获得80个注释为bHLH的转录因子,经过CDD和Pfam数据库对其保守结构域进行验证,去除冗余及未获得结构域验证的8条序列,最终获得72个具有典型bHLH结构域的转录因子基因家族成员(表1)。将所得序列依次标号为VnbHLH1～VnbHLH72,最长的...
近期,《生物技术通报》发表了一项关于中国南瓜bHLH转录因子家族的研究,题为《中国南瓜bHLH转录因子家族的鉴定与生物信息学分析》。该研究为中国南瓜(Cucurbita moschata Duch.)的基因组研究提供了新的视角,填补了当前对南瓜转录因子理解的空白。 bHLH转录因子的基本特征 ...