根据/bi/database/gene_region.bed.gz(需先 tabix -fp bed /bi/database/gene_region.bed.gz 建立索引)注释vcf文件,添加到INFO/GENE bcftools annotate -a /bi/database/gene_region.bed.gz -c CHROM,FROM,TO,GENE -H ‘##INFO=<id=gene,number=1,type=string,description="gene less=""></id=gene...
bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -o annotate.vcf -a参数指定注释用的数据库文件,格式可以是VCF, BED, 或者是\t分隔的自定义文件。在\t分隔的自定义文件中,必须包含CHROM, POS字段;-c参数指定将数据库的哪些信息添加到输出文件中。 第二个用途是编辑VCF文件,比如去除其中的某些注释...
bcftools view -R target.bed sample.filter.vcf.bgz #选出INFO中SAO=1的所有位点 bcftools view -i 'SAO=1' sample.filter..b37.vcf #选出INFO中AC>2的所有位点 bcftools view -i "AC>=2" ExAC.r1.sites.vep.vcf.gz #选出遗传方式是AR或XR的位点(需INFO字段中已有INHERITANCE注释) ...
做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速...
tabix chr1.nomissing.nohet.justSNPs.vcf.gz 去除重复序列区间内的snp位点 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ~/biotools/software.package/bcftools-1.17/bcftools view-Rrepeat.bed-o chr1.nomissing.nohet.justSNPs.norepeats.vcf chr1.nomissing.nohet.justSNPs.vcf.gz ...
By default, the output will be uncompressed VCF. To output uncompressed BCF, use the --bcf option. (default: None) --interval-file INTERVAL_FILE Path to a BED file (.bed) for selective access. This option can be used multiple times. (default: None) Tool Options: --num-threads NUM...
pipeline: from sra, bed, vcf to plink pythonrpipelineplinksamtoolshapmapbcftoolssratoolkitplink2angsd UpdatedJul 26, 2021 Jupyter Notebook This script filters false positive alleles from poolseq VCF file created with bcftools. bioinformaticsfilteringbcftools ...
Hi, I am using bcftools view -R regions.bed input.vcf.gz to extract only those variants present in regions.bed. However, I get only those variants not present in regions.bed, so exactly the opposite. I really don't know what is going on...
需要将二进制文件转化为vcf文件,再进行修改。##将vcf转化为plink(bed,bim,fam)格式时,不管原本vcf中的chromosome是否带有”chr”的信息,生成的plink(bed,bim,fam)中bim文件中的chromosome的信息中都是不带“chr“。 (2)将plink(bed,bim,fam)转为为vcf格式 plink --bfiletest--recode vcf-iid --out new_tes...
tabix chr1.nomissing.nohet.justSNPs.vcf.gz 去除重复序列区间内的snp位点 ~/biotools/software.package/bcftools-1.17/bcftools view -R repeat.bed -o chr1.nomissing.nohet.justSNPs.norepeats.vcf chr1.nomissing.nohet.justSNPs.vcf.gz 提供一个bed文件 ...