--VCF/BCF分析 呼叫SNP/indel呼叫 共识通过应用VCF变体创建共识序列 cnv-HMM-cnv呼叫 使用固定阈值筛选VCF/BCF文件 GT检查样品一致性,检测样品交换和污染 roh识别自交合运行(HMM) 统计数据生成VCF/BCF统计数据 大多数命令接受检测到的文件类型的VCF、bgzipped VCF和BCF 即使从管道中流出,也会自动进行。索引VCF和BCF...
可用于linux管道操作,以"-"作为标准输入,以输出为标准输出。 bcftools一般更倾向于接受bcf格式,一般需要对vcf进行bcf格式转化、构建索引操作。bcf格式是vcf格式的压缩版本。 可以进行变异查找、bcf、vcf文件处理 1. 在处理前需要对VCF/BCF文件进行bgzip压缩 bcf、bam、tabix格式均采用bgzip压缩格式 # 压缩 bgzip vie...
和samtools , bcftools 由很多的子命令构成,所有的子命令可以分成以下3大类别 1. 分析基因组变异 bcftools 也可以分析SNP,CNV 等基因组变异,涉及到的子命令如下 call consensus cnv csq filter gtcheck mpileup roh stats 2. 操作VCF文件 包括对VCF文件进行格式转换,过滤,排序,取交集等功能,涉及到的子命令如下 an...
和samtools , bcftools 由很多的子命令构成,所有的子命令可以分成以下3大类别 1. 分析基因组变异 bcftools 也可以分析SNP,CNV 等基因组变异,涉及到的子命令如下 call consensus cnv csq filter gtcheck mpileup roh stats 2. 操作VCF文件 包括对VCF文件进行格式转换,过滤,排序,取交集等功能,涉及到的子命令如下 an...
#对参考基因组上的每个位点进行SNP/Indel分析的时候,samtools对每个输入文件仅读取的 reads数目有上限,该上限默认值是8000/n,其中n表示输入的BAM文件个数。当该参数设置 的值>8000/n,则此上限有-d参数决定,否则-d参数无效。例如:当对1000个样品进行重测序 ...
1. 分析基因组变异 bcftools 也可以分析SNP,CNV 等基因组变异,涉及到的子命令如下 call consensus cnv csq filter gtcheck mpileup roh stats 2. 操作VCF文件 包括对VCF文件进行格式转换,过滤,排序,取交集等功能,涉及到的子命令如下 annotate concat convert ...
roh identify runs of autozygosity (HMM) stats produce VCF/BCF stats Most commands accept VCF, bgzipped VCF, and BCF with the file type detected automatically even when streaming from a pipe. Indexed VCF and BCF will work in all situations. Un-indexed VCF and BCF and streams will work in...