解压vcf.gz(zcat) ,向vcf文件header增加contig信息(awk),将染色体按指定的映射关系重命名(bcftools annotate —rename-chrs )且仅挑选INFO/CLASS字段,按指定格式输出(bcftools query -f ),统计最后一列排序后输出频数 zcat ~/data/database/2021Q4/HGMD_Pro_2021.4_hg19.vcf.gz | \ awk ‘/^##contig/ {next...
修改vcf.gz染色体编号方式 nohup bcftools annotate --rename-chrs chr_id.txt xx.vcf.gz -Oz -o xxx.vcf.gz --threads 23 & 统计vcf中样品和位点数量 方法:bcftools +counts xxx.vcf $ bcftools +counts Chr.recode.vcfNumber of samples: 2232Number of SNPs: 698763Number of INDELs: 44021Number of MN...
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...
# -x参数表示去除VCF文件中的注释信息,可以是其中的某一列,比如ID, 也可以是某些字段,比如INFO/DP,多个字段的信息用逗号分隔;去除之后,这些信息所在的列并不会去除,而是用.填充。 --rename-chrsfile:旧名字 新名字 空格分隔,一行一个染色体。染色体换名 3. bcftools call[OPTIONS]FILE 变异检测,输入文件为VCF/...
nohup bcftools annotate --rename-chrs chr_id.txt xx.vcf.gz -Oz -o xxx.vcf.gz --threads 23 & 统计vcf中样品和位点数量 方法:bcftools +counts xxx.vcf $ bcftools +counts Chr.recode.vcf Number of samples: 2232 Number of SNPs: 698763 ...
Rename the short option-e, --error-probabilityfrom lower case to upper case-E, --error-probability Changes to the output format, replace the DC section with DCv2: adds a new column for the number of matching genotypes The--error-probabilityis newly interpreted as the probability of erroneous...
plugins Rename AFS to VRFS, variant read frequency score Mar 20, 2025 test Merge branch 'develop' of github.com:samtools/bcftools into develop Mar 20, 2025 .appveyor.yml Replace AppVeyor for GitHub Actions workflow for Windows builds Oct 21, 2024 .cirrus.yml Switch MacOS CI build to sonoma...
Rename the option--output-fileto--outputto make it consistent … 5年前 vcfisec.c Autodetected output file type from the output file suffix (e.g. .bcf, … 4年前 vcfmerge.c Makemerge -Rbehavior consistent with other commands and
nohup bcftools annotate --rename-chrs chr_id.txt xx.vcf.gz -Oz -o xxx.vcf.gz --threads 23 & 统计vcf中样品和位点数量 方法:bcftools +counts xxx.vcf $ bcftools+counts Chr.recode.vcf Numberofsamples:2232NumberofSNPs:698763NumberofINDELs:44021NumberofMNPs:0Numberofothers:0Numberofsites:742784 ...
vcfindex.c 8.55 KB 一键复制 编辑 原始数据 按行查看 历史 Petr Danecek 提交于 5年前 . Rename the option --output-file to --output to make it consistent … 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667...