reheader命令有两个用途,第一用途用于编辑VCF文件的头部,第二个用途用于替换VCF文件中的样本名。 替换样本的用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bcftools reheader -s sample.file view.vcf -o new.sample.vcf -s参数指定需要替换的样本名,内容如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0...
准备样本ID文件,这里命名为sample.txt,一个样本一行,然后使用下列参数修改: bcftools view -S sample.txt ordata.vcf.gz -Ov > sampleout.vcf 修改vcf文件的样本名称 使用bcftools的 rehead指令,sample.file 是指定要替换的样本名(包含两列,分别是新名称和旧名称) bcftools reheader -s sample.file old.vcf -...
1. 应用场景: vcf文件较大或者需要替换名称的数据太多,这时就可以用reheader -s批量修改样本编号 2. 运行方式: #注意:sample.txt文件中存储的是新的样本编号,每行为一个编号 #sample.txt文件中的样本编号个数需要和input.vcf中的样本个数一致,否则会报错,报错日志示例:Warning: different number of samples: 3...
bcftools例外,其中一些标签将被更新(除非使用 -l,--no-update选项)。 -S, --samples-file[^]FILE:一行一个样本,用法与-s用法相同,只是样本会被写在结尾。bcftools call接受可选的第二列,该列指示倍性(0,1或2)或性别(由--ploidy定义,例如“F”或“M”)。 2. bcftools annotate[OPTIONS]FILE (1)注释V...
reheader命令有两个用途,第一用途用于编辑VCF文件的头部,第二个用途用于替换VCF文件中的样本名。 替换样本的用法如下 bcftools reheader -s sample.file view.vcf -o new.sample.vcf 1. -s参数指定需要替换的样本名,内容如下 ...
reheader命令有两个用途,第一用途用于编辑VCF文件的头部,第二个用途用于替换VCF文件中的样本名。 替换样本的用法如下 bcftools reheader -s sample.file view.vcf -o new.sample.vcf -s参数指定需要替换的样本名,内容如下 NA00001 NA1 NA00002 NA2
reheader reheader 命令有两个用途,第一用途用于编辑 VCF 文件的头部, 第二个用途用于替换 VCF 文件中的样本名。 替换样本的用法如下 bcftools reheader -s sample.file view.vcf -o new.sample.vcf -s 参数指定需要替换的样本名,内容如下 NA00001 NA1 NA00002 NA2 NA00003 NA3 第一列代表 VCF 文件中原始...
I run into a problem with bcftools reheader As I am constructing the new header programmatically , the output file is corrupt if the input VCF file is gzipped or in BCF format (as I stream to stdout). As the output would have a plain tex...
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...
默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息 -H print header only (no alignments) -S input is SAM 默认下输入是 BAM 文件,若是输入是 SAM 文件,则最好加该参数,否则有时候会报错。 -u uncompressed BAM output (force -b) ...