bcftools reheader -s sample.file view.vcf -o new.sample.vcf -s参数指定需要替换的样本名,内容如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 NA00001 NA1 NA00002 NA2 NA00003 NA3 第一列代表VCF文件中原始的样本名称,第二列代表替换后的样本名称,两类之间用空格分隔,需要注意的是,样本名不允...
使用bcftools的 rehead指令,sample.file 是指定要替换的样本名(包含两列,分别是新名称和旧名称) bcftools reheader -s sample.file old.vcf -o new.sample.vcf 修改vcf.gz染色体编号方式 nohup bcftools annotate --rename-chrs chr_id.txt xx.vcf.gz -Oz -o xxx.vcf.gz --threads 23 & 统计vcf中样品和...
1. 应用场景: vcf文件较大或者需要替换名称的数据太多,这时就可以用reheader -s批量修改样本编号 2. 运行方式: #注意:sample.txt文件中存储的是新的样本编号,每行为一个编号 #sample.txt文件中的样本编号个数需要和input.vcf中的样本个数一致,否则会报错,报错日志示例:Warning: different number of samples: 3...
5. reheader reheader命令有两个用途,第一用途用于编辑VCF文件的头部,第二个用途用于替换VCF文件中的样本名。 替换样本的用法如下 bcftools reheader -s sample.file view.vcf -o new.sample.vcf 1. -s参数指定需要替换的样本名,内容如下 NA00001 NA1 NA00002 NA2 NA00003 NA3...
还可以过滤突变位点过滤的条件非常多可以根据突变位点的类型基因型类型等等条件进行过滤详细的参数可以参考软件的帮助文档这里只做一个基本示例 bcftools 学习笔记(一) 本篇主要介绍 index, view, query, sort, reheader 这五个命令。 1. index index 命令用于对 VCF 文件建立索引,要求输入的 VCF 文件必须 是使用 ...
使用bcftools的 rehead指令,sample.file 是指定要替换的样本名(包含两列,分别是新名称和旧名称) bcftools reheader -s sample.file old.vcf -o new.sample.vcf 修改vcf.gz染色体编号方式 nohup bcftools annotate --rename-chrs chr_id.txt xx.vcf.gz -Oz -o xxx.vcf.gz --threads 23 & ...
I run into a problem with bcftools reheader As I am constructing the new header programmatically , the output file is corrupt if the input VCF file is gzipped or in BCF format (as I stream to stdout). As the output would have a plain text header and a compressed VCF file or BCF fil...
reheader命令有两个用途,第一用途用于编辑VCF文件的头部,第二个用途用于替换VCF文件中的样本名。 替换样本的用法如下 bcftools reheader -s sample.file view.vcf -o new.sample.vcf -s参数指定需要替换的样本名,内容如下 NA00001 NA1 NA00002 NA2
"bcftools"(Binary Call Format tools)是一个用于处理Variant Call Format (VCF) 和 Binary Call Format (BCF) 文件的命令行工具集。它是与Samtools一起开发的,用于处理生物信息学中的DNA变异数据,例如单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)和插入/缺失变异(Insertions/Deletions,Indels)等。bcftools可以...
Pysam is a Python package for reading, manipulating, and writing genomics data such as SAM/BAM/CRAM and VCF/BCF files. It's a lightweight wrapper of the HTSlib API, the same one that powers samtools, bcftools, and tabix. - pysam/bcftools/reheader.c at 6b