但AN和AC存在，可计算频率bcftools query -f'%CHROM %POS %AN %AC{0}\n'sample.vcf|\awk'{print...
3. 提取VCF的等位基因和基因型信息 # 生成A/G的基因型bcftools query -f'%CHROM %ID %POS %REF %ALT [ %TGT]\n'sample.vcf -o sample.extract.txt %CHROM 染色体列 %ID 变异位点名称 %POS 变异位点位置 %REF 参考等位基因 %ALT 变异等位基因 %TGT 字符格式如A/G的基因型;%GT为0/1格式的基因型 ...
bcftools query-f'%CHROM\t%POS\n'output.vcf.gz|shuf|head-n1000|sort-k1,1n-k2,2n>selected_snps.txt 这个命令的含义是,首先使用 bcftools query 选取输出文件中 SNP 位点的染色体和位置信息,然后使用 shuf 对行进行随机排序,接着使用 head 选取前 1000 行(即 1000 个 SNP 位点),最后使用 sort 对选定...
query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%SAMPLE=%GT]\n' view.vcf.gz -f 参数通过一个表达式来指定输出格式,其中变量的写法如下 1. %CHROM 2. 代表 VCF 文件中染色体那一列,其他的列,比如 POS, ID, REF, ALT, QUAL, FILTER 也是类似的写法 3. [] 4. 对于 FORMAT 字段的信息,必须要中括号括...
query命令也是用于格式转换,和view命令不同,query通过表达式来指定输出格式,可定制化程度更高。用法如下 bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%SAMPLE=%GT]\n' view.vcf.gz 1.
bcftools query 用于提取VCF文件中的信息,可以根据需要选择提取特定的字段或样本信息 bcftools stats 用于生成VCF文件的统计信息,包括变异类型、变异频率、基因型质量等 bcftools merge 用于合并多个VCF文件 bcftools norm 用于对VCF文件进行规范化处理,包括拆分多等位位点、合并相邻位点等 ...
bcftools query-f'GQ:[ %GQ] \t GT:[ %GT]\n'file.vcf # 创建bed文件: chr, pos (0-based), end pos (1-based), id bcftools query-f'%CHROM\t%POS0\t%END\t%ID\n'file.bcf # 输出样本的突变位点信息和GT: bcftools query-f'[%CHROM:%POS %SAMPLE %GT\n]'-i'GT='alt''file.bcf...
$ bcftools query -f '%TAG{1} \n' 2 to print the second value. This is documented herehttp://samtools.github.io/bcftools/howtos/query.html. If anything is unclear, please do let us know. pd3closed this ascompletedFeb 24, 2021
bcftools query 用于提取VCF文件中的信息,可以根据需要选择提取特定的字段或样本信息 bcftools stats 用于生成VCF文件的统计信息,包括变异类型、变异频率、基因型质量等 bcftools merge 用于合并多个VCF文件 bcftools norm 用于对VCF文件进行规范化处理,包括拆分多等位位点、合并相邻位点等 ...
bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%SAMPLE=%GT]\n' view.vcf.gz -f参数通过一个表达式来指定输出格式,其中变量的写法如下 %CHROM 代表VCF文件中染色体那一列,其他的列,比如POS,ID,REF,ALT,QUAL,FILTER也是类似的写法 [] 对于FORMAT字段的信息,必须要中括号括起来 ...