#说明:根据 input.vcf 采用的参考基因组fasta文件,选择对应的 fasta.fai 文件, reheader命令会将fasta中的染色体号填充到output.vcf的文件头的contig字段 #根据输出文件格式要求,选择-Ov(不压缩输出)或者-Oz(bgzip压缩输出)参数 #添加文件头 bcftools reheader -f {fasta.fai} -Ov -o {output.vcf} {input....
# 拆分vcf文件 bcftools view -S samplelistname.txt ALL.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.vcf 3. 将多个样本vcf文件合并成一个vcf矩阵 #将vcf进行压缩 bgzip -c -f f_nist_1_2.vcf > f_nist_1_2.vcf.gz #为VCF文件建立index bcftools index f_nist_1_2.vcf.gz # 合并SNP文件 b...
取并集,需两个vcf均有索引,且排序(需要合并的文件需要预先排序并建索引) bcftools concat -a /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.sp.homologous.vcf.gz /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.sp.nonHomo.vcf.gz -Ov|less -S 按家系拆分joint calling的vcf文件 bcftools +split /bi/8.xuxiong/EQA2022/20...
这里,-Ov选项表示输出为VCF格式(而不是BCF),-o选项指定输出文件的名称(merged_output.vcf)。 检查合并后的VCF文件: 合并完成后,你应该检查merged_output.vcf文件以确保数据完整性和准确性。这通常涉及查看文件头、样本信息以及变异记录是否按预期合并。 (可选)对合并后的VCF文件进行排序和索引: 排序和索引可以显著...
bcftools view -S sample.txt ordata.vcf.gz -Ov > sampleout.vcf 修改vcf文件的样本名称 使用bcftools的 rehead指令,sample.file 是指定要替换的样本名(包含两列,分别是新名称和旧名称) bcftools reheader -s sample.file old.vcf -o new.sample.vcf ...
2、准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3、输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.vcf...
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...
1、下载安装bcftools。 2、准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3、输入命令: 1 bcftools view -S samplelistname.txt/1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.vcf ...
拆分成单个样本的vcf⽂件：1、下载安装。2、准备样本ID⽂件，这⾥命名为samplelistname.txt，⼀个样本⼀⾏，如下所⽰：sample1 sample2 sample3 3、输⼊命令：bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov ...
bcftools view -S sample.txt ordata.vcf.gz -Ov > sampleout.vcf 修改vcf文件的样本名称 使用bcftools的 rehead指令,sample.file 是指定要替换的样本名(包含两列,分别是新名称和旧名称) bcftools reheader -s sample.file old.vcf -o new.sample.vcf ...