DP=4,也就是说只有4条reads支持这个地方的变异,cover到这个位点的reads数太少。GQ=25.92,质量值并不算太高。在PL里,这个位点基因型的不确定性就表现的更突出了,0/1的PL值为0,虽然支持0/1的概率很高;但是1/1的PL值只有26,也就是说还有10^(-2.6)=0.25%的可能性是1/1;但几乎不可能是0/0,因为支持0/...
bcftools filter -e 'DP > 10' input.vcf.gz -o filtered.vcf 基因型质量过滤:使用-e选项来定义最小基因型质量(GQ)阈值,只保留基因型质量高于阈值的变异。bcftools filter -e 'GQ > 30' input.vcf.gz -o filtered.vcf 多个过滤条件的组合:您可以组合多个过滤条件来更精确地筛选变异。可以使用逻辑运算符(...
bcftools filter -e 'DP > 10' input.vcf.gz -o filtered.vcf 基因型质量过滤:使用-e选项来定义最小基因型质量(GQ)阈值,只保留基因型质量高于阈值的变异。 bcftools filter -e 'GQ > 30' input.vcf.gz -o filtered.vcf 多个过滤条件的组合:您可以组合多个过滤条件来更精确地筛选变异。可以使用逻辑运算符(...
bcftools filter -e 'DP > 10' input.vcf.gz -o filtered.vcf 基因型质量过滤:使用-e选项来定义最小基因型质量(GQ)阈值,只保留基因型质量高于阈值的变异。bcftools filter -e 'GQ > 30' input.vcf.gz -o filtered.vcf 多个过滤条件的组合:您可以组合多个过滤条件来更精确地筛选变异。可以使用逻辑运算符(...
导出插件所需的环境编辑 export BCFTOOLS_PLUGINS=/bi/software/bcftools-1.16/plugins; 查看插件环境变量 echo ${BCFTOOLS_PLUGINS} 反向过滤 ( https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html#expressions ) bcftools view -e ‘CHROM~”M” || CHROM~”_” || QUAL<30 || MAX(FMT/GQ)<20 || MAX(...
# 输出染色体、位置、REF、ALT: bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT{0}\n' file.vcf.gz # 还是输出上面的结果,但用\t代替空格并输出样本名和基因型 bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%SAMPLE=%GT]\n' file.vcf.gz # 输出GQ和GT: bcftools query -f 'GQ:[ %GQ] \...
##fileformat=VCFv4.2##FILTER=<ID=q10,Description="Quality below 10">##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">##INFO=<ID=DP,Number=1...
" bcftools +gvcfz input.bcf -g'PASS:GQ>60 & DP<20; PASS:GQ>40 & DP<15; Flt1:QG>20; Flt2:-'\n" "\n" " # Compress all non-reference sites into a single block, remove unused alternate alleles\n" " bcftools +gvcfz input.bcf -a -g'PASS:GT!=\"alt\"'\n" ...
Description="Genotype"> ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> ##FORMAT=<ID=RD,Number=1,Type=Integer,Description="Depth of reference-supporting bases (reads1)"> ##FORMAT=<ID=AD,Number=1,Type...
scaffold_1 4644 . G A 195 . DP=21;VDB=0.0198;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,10,10;MQ=42;FQ=-87 GT:PL:GQ 1/1:228,60,0:99 scaffold_1 4827 . NACAAAGA NA 4.42 . INDEL;DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=40;FQ=-37.5 GT:PL:GQ 0/1:40,3,0:3 ...