bcftools query命令可用于提取任何VCF字段。 # 查看vcf文件包含样本名称bcftools query -l sample.vcf# 查看vcf文件包含样本数量bcftools query -l sample.vcf|wc -l# 打印POS列信息, head显示前10列bcftools query -f'%POS\n'sample.vcf|head# 打印CHROM POS REF ALT 4列信息bcftools query -f'%CHROM %POS ...
grep -F -f file1 file2 > #simplest way to obtain overlap rows 小结: BEDTools可用于比较VCF文件,但只能通过比较基因组坐标进行比较;这可以提供对两个文件中有多少个重叠变异位点的快速解答,并且可以用来计算Jaccard索引,从而指示总体两个文件重叠位点的数量 ...
bcftools query-f'%CHROM\t%POS\n'output.vcf.gz|shuf|head-n1000|sort-k1,1n-k2,2n>selected_snps.txt 这个命令的含义是,首先使用 bcftools query 选取输出文件中 SNP 位点的染色体和位置信息,然后使用 shuf 对行进行随机排序,接着使用 head 选取前 1000 行(即 1000 个 SNP 位点),最后使用 sort 对选定...
第⼀步：⽤bgzip将所有的vcf⽂件压缩 bgzip -c -f f_nist_1_2.vcf > f_nist_1_2.vcf.gz 第⼆步：⽤bcftools 对每⼀个压缩好的vcf⽂件建⽴index bcftools index f_nist_1_2.vcf.gz 第三步：⽤bcftools将压缩好的所有vcf⽂件进⾏合并 bcftools merge fc_nist_1_1.vcf.gz fc_...
bgzip -c -f f_nist_1_2.vcf > f_nist_1_2.vcf.gz 第二步: 用bcftools 对每一个压缩好的vcf文件建立index bcftools index f_nist_1_2.vcf.gz 第三步: 用bcftools将压缩好的所有vcf文件进行合并 bcftools merge fc_nist_1_1.vcf.gz fc_nist_1_2.vcf.gz fc_nist_1_3.vcf.gz fc_nist_1_...
bcftools 作为实用的变异查找工具, 可以查找指定区域的变异; 相比于GATK可以互相补充。 1. conda 安装 conda install bcftools -y 2. bcftools 查找变异位点 bcftools mpileup -r chr22:38519150-385191650\-f /public/analysis/reference/hg19/hg19.fa\-Ou Sample.sorted.bam|bcftools call -mv > chr22.vcf...
bcftools query-f'GQ:[ %GQ] \t GT:[ %GT]\n'file.vcf # 创建bed文件: chr, pos (0-based), end pos (1-based), id bcftools query-f'%CHROM\t%POS0\t%END\t%ID\n'file.bcf # 输出样本的突变位点信息和GT: bcftools query-f'[%CHROM:%POS %SAMPLE %GT\n]'-i'GT='alt''file.bcf...
bgzip -c -f -@10merge.vcf >merge.vcf.gz-c, --stdoutwriteon standard output, keep original files unchanged-f, --force overwrite files without asking-@, --threads INT number of compression threads to use [1] 2. 对生成的vcf.gz进行index: ...
Bcftools 1.16 able to add F_MISSING tag? List item I tried adding the F_MISSING tag using bcftools 1.16. When I run this command: bcftools +fill-tags input.vcf.gz -- -t 'F_MISSING' | bcftools view -i 'INFO/F_MISSING<0.25' -Oz -o output... snakemake...
The following code reproduces the error: (echo "##fileformat=VCFv4.2" echo -e "#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO\tFORMAT\tA\t2:A") | bgzip > A.vcf.gz tabix -f A.vcf.gz (echo "##fileformat=VCFv4.2" echo -e "#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO\tFO...