BATMAN-TCM的核心思路是将中药复方含有的有效成分的结构式与目前已有的成药化合物进行比对,对相似度进行打分,从而用已有药物的作用靶点来预测中药复方所含化合物的潜在靶点。详细的算法是比较复杂的,例如Random Forest之类的算法,大家可以移步郭博士的论文或者BATMAN-TCM的在线tutorials学习,接下来讲讲我们如何在线操作BATMA...
BATMAN-TCM支持用户简单地输入复方/草药的名称来分析其分子机制。该功能基于TCMID数据库中的复方-中草药-成分关联数据,涵盖46914种配方、8159种中草药和25210种成分。 三种输入方法 用拼音名称输入中药复方(例如huo xiang zheng qi san) 用拼音输入中药名称或中药单体(例如ren shen, Ginseng or Panax ginseng) 输入Pu...
2016年,国家蛋白质科学中心(北京)联合北京中医药大学共同推出了BATMAN-TCM 1.0 (Sci Rep.2016, 4:996 ),一个专为TCM药理研究而设计的中药成分靶蛋白相互作用(TTI)数据库。BATMAN-TCM 1.0自推出以来受到了学界的广泛关注,已有超过640次引用和400,000次访问,为TCM研究领域做出了巨大贡献。但数据库有限的TTI网络覆盖...
BATMAN-TCM的核心功能是通过将中药复方中的有效成分与已知药物进行结构比对，计算相似度评分，预测潜在靶点。这有助于揭示中药复方的多效性与复杂性。用户在使用BATMAN-TCM时，首先需输入感兴趣的中药名称或方剂。系统支持直接输入复方名称（拼音）、中草药名称（拼音）或化合物ID。以麻黄汤为例，用户应输入...
BATMANTCM提供了四大部分功能，旨在深入理解中药的组合治疗机制，并为后续实验验证提供线索，加速中药分子机制的阐明。通过结合中药成分的靶标预测和深入的网络药理学分析，该工具支持用户输入中药复方名称、中药名称或CID号来分析其分子机制。预测过程基于TCMID数据库中的复方-中草药-成分关联数据，覆盖了广泛的...
通过BATMAN-TCM，研究者可以分析中药复方的组成成分与化合物、作用靶点之间的关系，同时关联作用靶点与疾病。该数据库不仅支持分析现有中药复方的分子机制，还允许用户自定义配方的组成成分，进行靶基因预测和网络分析。该数据库具有强大的功能，如预测每个查询中药成分的潜在目标、进行功能分析（包括Gene ...
BATMAN-TCM(a Bioinformatics Analysis Tool for Molecular mechANism of Traditional Chinese Medicine)是第一个专门为研究中药分子机制而设计的在线生物信息学分析工具。 BATMAN-TCM的分析流程 BATMAN-TCM的主要功能: 1、中药组成成分的靶标预测; 2、潜在靶标的功能分析; ...
在BATMAN-TCM 2.0中,用户可以选择“通过中药检索靶标”或者“通过基因检索草药/成分”,前者可指定查询的中药是“复方”、“草药”还是“化合物”,BATMAN-TCM 2.0目前支持54,832味复方、8404味草药和39171个中药化合物的检索与浏览,后者支持多种常见基因的标识符格式(图3 A、D)。
国内科学家开发了首个中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具BATMAN-TCM (a Bioinformatics Analysis Tool of Molecular mechanism of Traditional Chinese Medicine)。 BATMAN-TCM的主要功能包括:1、中药组成成分的靶标预测;2、潜在靶标的功能分析;3、成分-靶标-通路/疾病关联网络的可视化;4、中药不同组分的比较分析...
总之,通过BATMAN-TCM2.0,一方面可以实现更多的中药复方、草药的网络药理学分析;另一方面,反过来可以基于(多个)蛋白进行中药成分和草药的筛选,助力中药为基础的现代药物研发。 原文链接:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c00365...