-b # 输入bam文件-o # 输出-p # 线程数-e/--extendReads # 拓展了原来的read长度-bs/--binSize # 设置分箱的大小--filterRNAstrand{forward,reverse}:仅统计指定正链或负链--region/-rCHR:START:END:选取某个区域统计 #为了其他结果进行比较,还需要进行标准化,deeptools提供了如下参数:--scaleFactor:缩放...
#为了其他结果进行比较,还需要进行标准化,deeptools提供了如下参数: --scaleFactor: 缩放系数 --normalizeUsing {RPKM,CPM,BPM,RPGC,None} --normalizeTo1x: 按照1x测序深度(reads per genome coverage, RPGC)进行标准化 --ignoreForNormalization: 指定那些染色体不需要经过标准化 三、输入文件 bam文件 四、软件...
To generate normalized coverage tracks, theBAMscale“scale” function first imports the coverage of every bin (changeable) of the genome, followed by either genome size scaling (based on the length of the genome), or read count scaling. During genome size scaling, the scaling factor is calculat...
#为了其他结果进行比较,还需要进行标准化,deeptools提供了如下参数: --scaleFactor: 缩放系数 --normalizeUsing {RPKM,CPM,BPM,RPGC,None} --normalizeTo1x: 按照1x测序深度(reads per genome coverage, RPGC)进行标准化 --ignoreForNormalization: 指定那些染色体不需要经过标准化 三、输入文件 bam文件 四、软件...