首先,第一种方法会将multi mapped reads过多的解读并输出到fq中,导致数据比原先增大,同时也过多产生一些unmapped reads,数据整体质量下降,不适合用来弥补fq。其次,第二和第三种方法仅仅将bam文件中mapped reads进行还原,产生的fq再次进行基因组比对时,均达到100%的map率,显然也不合理;后来我check了bam文件,发现原来...
网上主要有两种方法: bedtools 里的bamToFastq bamToFastq -i XX.bam -fq XX.fq samtools bam2fq bam2fq XX.bam >xx.fq 注意这两种方法得到的fq文件大小完全不同(bedtools的结果reads数目是samtools的两倍) 我的数据是三代hifi,用bedtools得到的fq跑出来的结果奇奇怪怪,但是samtools就是正常的,具体原因还需...
智通财经APP讯,华设集团(603018.SH)发布公告,公司发行的4亿元可转换公司债券将于2023年8月15日在上交所挂牌交易,债券简称“华设转债”,债券代码“113674”。 本文源自智通财经网
zcat或zless都可以查看fq.gz文件 sra文件没找到打开的,查看都是乱码 fa和gff、gtf 2 fa(fasta),粗略理解就是2行为一个单位,第一行是>开头的解释信息,第二行是序列reads。简单理解就是,fq文件是测序后直接得到的,而fa文件是用各种软件处理了fq文件后得到的。与fa文件配套的就是注释文件gtf/gff,注释文件给出了...