BAM(Binary Alignment/Map)文件和FASTA文件是生物信息学中常用的两种文件格式。BAM文件通常用于存储大量的核酸序列比对结果,而FASTA文件则用于存储核酸或蛋白质序列。要将BAM文件转换成FASTA文件,我们需要提取BAM文件中的序列信息,并将其格式化为FASTA格式。 以下是详细的步骤和说明: 1. 了解BAM文件和FASTA文件的格式特点...
bam2fasta的转变方式: samtools view SL3003_SL3004_100122-hg18.bam | \ awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > SL3003.fasta sam2fasta的转变方式 cat *.sam | awk '{print ">"$1"\n"$10}' > *.fasta NGS生物信息学fastasambam...
bam文件md5值检测 md5sum -c m64.subreads.1--1.bam.md5 检测合格后使用SMRTlink 9的bam2fasta软件转换。 ~/usr/smrtlink/smrtcmds/bin/bam2fasta-o pb m64.subreads.1--1.bam 如果没有建立索引,还需要先建立索引。 ~/usr/smrtlink/smrtcmds/bin/pbindex m64.subreads.1--1.bam...
PacBio ccs测序下机数据是bam格式的。而组装软件一般都需要fasta格式,因此需要将源文件转换成fasta格式。 软件: SMRTlink pacbio官网:https://www.pacb.com/ 下载 使用conda conda create-n smrtlink conda activate smrtlink conda install-c hcc smrtlink-tools ...
1. fasta => sam 2. fasta <= sam 1. sam => bam 2. sam <= bam 1. fasta => bam 2. fasta <= bam
是的,fasta是原始文件文件,我必须将fasta文件覆盖到bam文件中,以便我可以对齐序列。 添加回复•关联 3.9年前Nosheenfaiz09•0 0 嗨,nosheenfaiz09, 您错过了分析中的重要一步:对齐。通常将读取(以FASTQ格式)与参考基因组对齐,这种比对的结果以BAM格式保存,其中包含有关读取及其基因组对齐的坐标的信息。没有...
是的,fasta是原始文件文件,我必须将fasta文件转换成bam文件,以便我可以对齐序列。 添加回复•链接 3.9年前nosheenfaiz09•0 0 进入编辑模式 嗨nosheenfaiz09, 在你的分析中,你错过了一个重要的步骤:调整。通常读取(fastq格式)与参考基因组对齐,这种对齐的结果以bam格式保存,其中包含读取及其基因组对齐坐标的...
导读fasta、sam、bam相互转换。总结一下,可能不是最好用的方法。 一、fasta <=> sam 1. fasta => sam 2. fasta <= sam 二...
bam2fasta的转变方式: samtools view SL3003_SL3004_100122-hg18.bam | \ awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > SL3003.fasta sam2fasta的转变方式