# Run maker with the new augustus model(若使用/usr/bin/augustus,需要配置augustus,同时修改maker_exe.ctl中的相关设置,主要还是因为maker装的环境混了,有空回来重装) conda activate maker3 maker -base pyu_rnd2 >& pyu_rnd2.log # Create gff and fasta output files: # Use the following command to...
001、 (base) [root@pc1 Augustus-3.5.0]# conda install -c bioconda augustus -y## 直接使用conda安装; 编译安装了一天,没想到conda一个命令安装。。。 002、调用测试 (base) [root@pc1 Augustus-3.5.0]# augustus --version## 调用测试,目前没发现任何问题AUGUSTUS (3.1.0)isa gene prediction tool w...
conda install -c bioconda gemoma -y 1.5 genomeThreader v1.7.3 下载地址:Download GenomeThreader 把bin目录添加到PATH变量里; 确保bssm文件夹、gthdata文件夹、可执行文件在同一个目录里。否则需要分别创建BSSMDIR、GTHDATADIR来指明他们的位置。 export PATH=data/cm/software/gth-1.7.3-Linux_x86_64-64bit...
目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测。 安装 安装较为复杂,可选用conda进行安装 conda...
使用conda创建独立环境进行安装 conda create-n buscoEnv-c bioconda-c conda-forge busco=4.1.2augustus=3.3.3biopython python #biopython是我后加的,默认给的没有这个,但是biopython也是busco运行需要的环境支持。 #下面是我第一次安装的顺序,一开始没有安装biopython后来报错查看issue发现需要biopython ...
发现这个软件依赖还算不少,网上有朋友列了一下有cmake、bamtools、hitslib、samtools、bcftools、tabx, 如果不是依赖的大部分软件还算熟悉,就等着有网后靠conda安装了,自己手动安吧,也算深入学习一下这个软件一些知识。还是先下载augustus看一下。 首先是官网及下载链接: ...
发现这个软件依赖还算不少,网上有朋友列了一下有cmake、bamtools、hitslib、samtools、bcftools、tabx, 如果不是依赖的大部分软件还算熟悉,就等着有网后靠conda安装了,自己手动安吧,也算深入学习一下这个软件一些知识。还是先下载augustus看一下。 首先是官网及下载链接: ...
Hi The following problems occurred when I used Augustus. when I installed it with conda: conda install augustus=3.3.3 augustus --species=help The following error occurs:(The version of gsl is 2.6) augustus: symbol lookup error: /home/yue...
安装 安装较为复杂，可选⽤conda进⾏安装 使⽤ （1）若存在已经被训练的物种（augustus --species=help查看），则直接使⽤⼀下代码进⾏预测基因，以拟南芥为例：1 augustus --speices=arabidopsis test.fa > test.gff （2）若不存在被训练过的物种，则需要进⾏训练 准备训练集和测试集 根据Augutus...