本文主要参考了Atomsk建立多晶的官网教程。 1、基础知识 Atomsk是用泰森多边形镶嵌来建立多晶,因此首先来学习一下什么是泰森多边形。可以参考:泰森多边形的构造和应用。 图一 泰森多边形及各自控制点 看完上述视频,总结一下: 每个泰森多边形内仅含有一个控制点;(图一中的A,B,C,D,E,F) 泰森多边形内的点到相应控...
1、建立晶界的一半盒子: atomsk--create bcc 3.165 W orient [-211] [0-11][111] -duplicate 5 10 15 W_cell.xsf 注意:点阵盒子基矢的选取一定要符合右手定则,否则会报错 2、一翻 atomskW_cell.xsf -mirror 0 X -wrap W_mirror.xsf 3、一合 atomsk--merge X 2 W_mirror.xsf W_cell.xsf W_GB...
二、Atomsk建立多晶 本案例以多晶镁建立为案例。建立Mg镁元素单胞镁元素的晶体类型为HCP型，空间点阵群为194，a=b=3.2094，c=5.2105，α=90°，γ=120°，以上为晶体学信息。在Atomsk软件目录下打开PowerShell，输入atomsk --create hcp 3.2094 5.2105 Mg mg.xsf 【第一步】这一步是建立镁元素单胞文件...
1.安装: 官网下载:https://atomsk.univ-lille.fr/dl.php 2.cmd如何打开:按住“菜单”+R,再输入cmd,即可打开; 3.cd 进入装有Atomsk的文件夹,输入atomsk的相关命令即可。 学习资料: 1.b站视频:https://www.bilibili.com/video/BV1pt4y1v78L 2.资料:https://download.csdn.net/download/qq_43191733/15685730?
tar -zxvf atomsk.tgztar -zxvf lapacks.tgztar -zxvf blas.tgz 接下来，进入atomsk-master/src目录，并使用以下命令将atomsk程序添加到bash环境变量中：echo "PATH=`pwd`:$PATH" >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc 之后，尝试运行atomsk，你可能会遇到提示缺少lapack动态库和blas库的问题。这通常是因为环境配置不...
Atomsk是一款基于原子尺度的建模计算软件,通过将体系划分为多个微观区域,并在每个微观区域中进行原子尺度的模拟,从而实现对体系的整体模拟。这种方法既能够克服传统分子动力学模拟中的时间步长限制,又能够在保证计算精度的同时提高计算效率。 在Atomsk建模计算中,首先需要确定目标材料的晶体结构、化学成分等基本信息。根据这些...
ATOMSK(The Swiss-army knife of atomic simulations)是一款非常优秀的分子建模软件,可以作为MS、LAMMPS自身命令建模的替代软件,并可以在linux、mac、windows系统中均可使用。软件的作者是Pierre Hirel(具体文献参考Pierre Hirel, Comput. Phys. Comm.197(2015) 212)。作者在quick start中为我们介绍了一下atomsk的使用...
atomsk建模计算 原子核结构与原子核模型简介 原子核是构成原子的重要组成部分,它由带正电荷的质子和不带电荷的中子组成。为了研究原子核的内部结构及其性质,科学家们提出了多种原子核模型,如液滴模型、壳层模型等。这些模型为我们理解原子核的结构和性质提供了有力的理论支撑。 ATOMSK建模计算原理与步骤 ATOMSK(Atomic...
Atomsk 是一个免费的开源命令行程序,专门用于创建、操作和转换计算材料科学领域原子级模拟的数据文件。它支持许多程序使用的文件格式,包括:可视化和分析软件:Atomeye、ddplot、OVITO、VESTA、XCrySDen;从头开…
一、使用 ATOMSK 进行建模 1. 生成 NiTi 晶体结构 - ATOMSK 可以从晶体数据库中读取 NiTi 的晶体结构...