下载的Al2O3模型是一个斜交结构,先进行正交化 atomsk Al2O3.cif -orthogonal-cell Al2O3_cell.xsf 得到结构: (3)扩胞 假如球的半径为20埃米,扩胞时要保证Al2O3在各个方向的尺寸超过40埃米,这样才能切出完整的一个球体。 atomsk Al2O3_cell.xsf -dup 10 5 4 Al2O3.xsf 得到结构: (4)切出球体...
二、Atomsk建立多晶 本案例以多晶镁建立为案例。建立Mg镁元素单胞镁元素的晶体类型为HCP型，空间点阵群为194，a=b=3.2094，c=5.2105，α=90°，γ=120°，以上为晶体学信息。在Atomsk软件目录下打开PowerShell，输入atomsk --create hcp 3.2094 5.2105 Mg mg.xsf 【第一步】这一步是建立镁元素单胞文件...
Atomsk主要通过命令行操作,需要用户熟悉命令行界面和脚本编写。而LAMMPS提供了更直观的输入脚本和图形界面(尽管图形界面不是LAMMPS的主要特点),使得操作更加直观和方便。 数据处理能力: Atomsk在数据处理方面更为强大,能够处理多种文件格式和复杂的模型数据。而LAMMPS主要关注于模拟过程本身,对于数据处理的支持相对较少。
atomsk Al_supercell.xsf -dislocation 0.51*box 0.51*box edge Z Y 2.860954 0.33 Al_edge.cfg #生成位错方式2:在滑移面上方插入半平面。其中0.5*box控制位错插入位置。 atomsk Al_supercell.xsf -dislocation 0.51*box 0.51*box edge_add Z Y 2.860954 0.33 Al_edge_add.cfg #生成位错方式3:删除滑移面下方...
ATOMSK(The Swiss-army knife of atomic simulations)是一款非常优秀的分子建模软件,可以作为MS、LAMMPS自身命令建模的替代软件,并可以在linux、mac、windows系统中均可使用。软件的作者是Pierre Hirel(具体文献参考Pierre Hirel, Comput. Phys. Comm.197(2015) 212)。作者在quick start中为我们介绍了一下atomsk的使用...
Atomsk是一款基于原子尺度的建模计算软件,通过将体系划分为多个微观区域,并在每个微观区域中进行原子尺度的模拟,从而实现对体系的整体模拟。这种方法既能够克服传统分子动力学模拟中的时间步长限制,又能够在保证计算精度的同时提高计算效率。 在Atomsk建模计算中,首先需要确定目标材料的晶体结构、化学成分等基本信息。根据这些...
Atomsk 建模计算是基于密度泛函理论 (DFT) 的方法,可以对各种类型的材料进行建模,包括原子、分子、聚合物和晶体。这种方法使用量子力学原理,可以计算出材料的电子结构、能带结构、态密度和反应性等特性。 Atomsk 建模计算在材料科学领域中有着广泛的应用,可以用于研究材料的力学性质、光学性质、磁学性质和电学性质等。还...
atomsk是一个非常好的开源建模程序,其运行命令极其简单。在前面的章节我们已经提到过了,读者可以通过Tutorial里的示例,照猫画虎地快速建立自己想建的模型。此外,其程序是用fortran写的,简单易懂,易于二次开发。 应前段时间网友留言问:atomsk建CSL对称倾转晶界模型,其实MS也可以建,但atomsk具有命令行优势,建起模来跟...
atomsk建立多晶模型的原理是首先创建一个原始晶胞,然后利用Voronoi算法计算每个节点所占据的空间,并在这些空间内填充原始晶胞。 基于这一原理,可以将原始晶胞替换为孪晶模型,从而实现孪晶多晶结构的建模。 下面以Al孪晶多晶的建模步骤 (1)生成孪晶晶胞 依次运行以下代码,生成Al孪晶晶胞 ...
1.atomsk 软件的简介 2.建模计算的基本原理 3.常用的建模方法 三、atomsk 建模计算的应用领域 1.在材料科学中的应用 2.在生物学中的应用 3.在化学中的应用 四、atomsk 建模计算的优势与局限 1.优势:高效、精确、可定制化 2.局限:计算资源需求高、学习成本较高等 五、未来发展趋势与展望 1.计算能力的进一步...