#3.ChIPQC,NSC,RSC #检测ChIP-Seq/ATAC-Seq/CUT-TAg数据的常用R包: ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia ChIP-seq Quality Assessment #ChIPQC因为参考基因组没有植物的所以不能像介绍那样直接出所有图,但可以分开出部分结果 #参考代码: library(DiffBind) library(ggplot2)...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区...
第五讲——ATAC-seq和CUT&Tag原理与分析, 视频播放量 3754、弹幕量 3、点赞数 35、投硬币枚数 27、收藏人数 179、转发人数 34, 视频作者 菲沙基因, 作者简介 以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展;,相关视频:第二讲——群体进化&GWAS研究内容
这一步用的软件有比较经典的MACS2,这个软件可以处理ChIP-seq、ATAC-seq、CUT&TAG等等的数据,需要调整不同的参数。与ChIP-seq不同,ATAC-seq的Tn5转座酶酶切的是染色质开放区域,在TF结合区域的DNA是拉不下来的(反映在峰图上是一个谷,ChIP-seq是一个峰),因此在调整峰值偏移(peak shift)的时候,一般用shift-exte...
ATAC-seq和CUT&Tag的文库通常从完整的细胞核或完整的细胞中制备,转座体通过核膜或细胞膜进入到染色质内部进行转座反应,并将测序接头序列与片段化的DNA相连接。 这种可及性会受到细胞类型、细胞数量、细胞活性、细胞结团以及转座体与DNA的相对浓度的影响,其结果可能使得文库片段的数量和大小存在很大的差异。所以我们的...
有高质量抗体:ChIP-seq、CUT&Tag。 无抗体或抗体效果不佳:ATAC-seq。 4.预算与实验周期 预算有限:ATAC-seq(成本较低,无需抗体)。 快速实验:CUT&Tag、ATAC-seq(实验周期较短)。 长期研究:ChIP-seq(技术成熟,数据丰富)。 5.数据分析需求 · 基础分析:ATAC-seq(peak calling、注释)。
用偏移之后的文件进行peak calling即可。代码如下 代码语言:javascript 复制 macs2 callpeak \-t sample.tn5.shitf.tagAlign.gz \-fBED\--nomodel \--shift-75\--extsize150\-B\-n sample \-g hs 在Encode的ATAC分析pipeline中,就是采用上述方法进行reads的偏移和peak calling操作的。
bedtools intersect bedtools工具中的bedtools intersect命令用于评估A(文件1)并查找在B(文件2)中重叠的区域。我们将使用此命令来过滤峰值(从黑名单区域)以及评估峰值的重叠情况(在重复样本之间)。 注意:下面执行的所有操作同样可以用于从CUT&RUN和ATAC - seq数据中调用的峰值。
先前的研究表明,VC和MG cells存在不同的基因表达模式,也有着不同的DNA甲基化模式,但是并没有揭示VC和MG cells不同分化路径的关系。本篇文献利用CUT&Tag、ATAC-seq、RNA-seq等组学技术,并联合细胞学揭示VC和MG cells的关系,即在MG c...
CUT&Tag数据显示RPA1在TSS附近富集,RPA1敲除后富集完全消失。对RPA1峰的分析表明,大约40%的峰位于启动子区域。此外,超过60%的RPA1峰与Pol II CUT&Tag测序峰重叠,这表明RPA1占据了基因调控区域。作者观察到RPA1定位到ATAC-seq的获得-闭合区域和与脂代...