答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
第五讲——ATAC-seq和CUT&Tag原理与分析, 视频播放量 3754、弹幕量 3、点赞数 35、投硬币枚数 27、收藏人数 179、转发人数 34, 视频作者 菲沙基因, 作者简介 以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展;,相关视频:第二讲——群体进化&GWAS研究内容
macs2 callpeak \-t sample.tn5.shitf.tagAlign.gz \-fBED\--nomodel \--shift-75\--extsize150\-B\-n sample \-g hs 在Encode的ATAC分析pipeline中,就是采用上述方法进行reads的偏移和peak calling操作的。
研究以遗传转化效率最高的小麦品种Fielder为材料,利用ATAC-seq、CUT&Tag、RNA-seq等多组学,联合分析了小麦再生过程中的转录及染色质动态变化,研究发现生长素诱导了介导细胞命运转变相关基因的顺序表达,并与染色质可及性、H3K27me3和H3K4me3状态的变化相协调;并最终鉴定到TaDOF5.6和TaDOF3.4两个提高小麦遗传转化效率的...
技术手段:CUT&Tag、ATAC-seq、scRNA-seq、RNA-seq 技术路径: 主要研究结果 CGRP-RAMP3-cAMP 轴激活 STAT1 为了深入理解CGRP如何诱导TH1细胞程序,作者对经CGRP处理的CD4+ T细胞进行了转录组和ATAC-seq分析。研究发现,在TH1或TH2细胞分化条件下,CGRP诱导的染色质可及性和表达谱发生了变化(图5a)。具体来说,对CGRP...
CUT&Tag全称Cleavage Under Target & Tagmentation,翻译为靶向剪切及转座酶技术,是一种研究蛋白-DNA互作的技术,替代传统的ChIP-seq方法。开头介绍ATAC-seq和CUT&Tag非常相似,原因就在于CUT&Tag也用Tn5转座酶,只不过这个酶是Protein A/G融合的Tn5转座酶。当然,两者研究内容还是不一样的,下面详细说一下。
ATAC-seq是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用来研究染色质可及性的方法。与具有同种功能的DNase-Seq、MNase-seq和FAIRE-Seq相比起来，ATAC-seq操作简单，重复性好，实验只需要很少的起始细胞/组织量（＜50000个细胞），信号噪比高。与ChIP-seq、CUT&tag以及DAP-seq相比，并不...
技术手段:CUT&Tag、ATAC-seq、scRNA-seq、bulk-seq 派森诺生物与浙江大学良渚实验室携手合作,在《Nature》上发表了神经肽信号调控T细胞分化的研究成果,影响因子50.5 。 Part01. 研究背景 TH1细胞通过分泌白细胞介素-2(IL-2)和干扰素-γ(IFNγ)在抵御病毒和细胞内病原体、器官特异性自身免疫疾病的发病机制以及抗肿...
巧用TagAlign格式来进行ATAC中的shift reads操作 由于Tn5转座酶的特性,在ATAC数据分析中,首选需要对bam文件中reads的比对位置进行shift, 然后再进行peak calling。那么如何进行这一操作呢?直接修改bam文件中reads的比对区域吗? 当然你可以这样操作,但是bam文件的读写是一个非常费时的操作,因为bam文件中包含了序列...
CUT&Tag全称Cleavage Under Target & Tagmentation,翻译为靶向剪切及转座酶技术,是一种研究蛋白-DNA互作的技术,替代传统的ChIP-seq方法。开头介绍ATAC-seq和CUT&Tag非常相似,原因就在于CUT&Tag也用Tn5转座酶,只不过这个酶是Protein A/G融合的Tn5转座酶。当然,两者研究内容还是不一样的,下面详细说一下。