# -S 提供的bigwig 文件# --skipZeros # -out ./test.TSS.gz 输出为文件用于plotHeatmap, plotProfile #--outFileSortedRegions ./test.TSS.bed 输出的文件名 3.热图中的每一行就是一个peak,因此这个热图一般很长,颜色不同代表富集的reads多少不同。黑线是指有些read没有比对上
图4显示了ATAC-seq 的TSS富集情况,无核小体片段(Nucleosome Free Region, NFR)信号在TSS附近富集,而核小体信号则避开了TSS,在转录起始位点两侧显示出富集。有文献认为信噪比是ATAC-seq重要的质量控制指标,并通过TSS Score来评估ATAC-seq的信噪比。如图5所示,两个具有相似 TSS Score(分别为 8.3 和 8.8)的文库具有...
在scATAC-seq中,对每个单细胞的ATAC-seq信号进行peak calling后,可以使用一系列方法来评估每个细胞的TSS富集度,从而鉴定细胞中的基因表达和调控元件。TSS.enrichment是衡量一个细胞是否富集TSS区域的一个指标,通常情况下,高TSS.enrichment值的细胞往往与较高的基因表达水平相关联,因此可以用来鉴定不同细胞类型和状态的基...
与两种条件下的ZH11相比，TSS附近OsNMCP1-OE株系测序reads显著富集（图13a）。根据peak曲线图，在OsNMCP1-OE株系中，上调DARs的分布主要集中在相邻基因的TSS周围，而下调的DAR分布没有明显的模式（图13b），表明OsNMCP1-OE染色质可及性的增加主要发生在TSS区域。此外，在正常（8791 vs 1524）和干旱（12742 vs ...
Sci-ATAC-seq分析 1、Sci-ATAC-seq细胞分群 从TSS远端捕获细胞类型标记基因将1,456个胰岛单核细胞用UMAP 降维聚类得到四个群。 Mixed可能是由于barcode 和组合的index冲突导致的双核现象。所以要看下ATAC的reads分布情况,从C图可见分配给mixed类的细胞核在高测序深度bin...
对于TSS两侧reads的分布进行统计,结果如下 这种图主要看分布的趋势,NRF序列在TSS附近是富集的,如上图红色的峰所示。核小体边界的序列在TSS附近出也呈现了富集,但是峰值和NRF的不同。 3. ATAC揭示了转录因子结合位置与核小体的距离 利用转录因子的chip_seq数据,分析了ATAC数据中各个转录因子与核小体不同距离内序列...
ii. NFR的片段应该在基因的转录起始位点(TSS)周围富集,而核小体结合区域的片段应该在TSS处被形成低谷,TSS周围的侧翼区域会稍微富集。 iii. 最后,对于正链和负链,read应分别偏移 +4 bp和 -5 bp,以便实现TF足迹和基序的碱基对解析相关分析,因为Tn5转座酶对缺口进行DNA修复产生了9 bp重复。大多数上述质量控制和分...
TSS富集峰图 转录起始位点(Transcription Start Site,TSS)是没有核小体的,所以在ATAC-seq质控分析中,可以明显看到NFR在转录起始位点富集。以上图为例,我们选择TSS上下游3Kb的区域,NFR reads在TSS位点两侧有明显富集趋势。底下的热图也是同样的意思,每一行表示一个基因或者转录本,图中的红色区域也不一定要延伸到底,因...
说明:横坐标代表转录起始位点上下游1Kb的位置信息,纵坐标代表标准化后的信号值。左侧是理想的结果,在TSS周围有大量的富集,已知这些区域比侧边区域的染色质开放程度更高。右侧是不理想的结果,TSS位点附近的低富集(<5%)可能表明不适当的裂解或染色质结构的丢失。