答案是No no~~,实际上ATAC-seq在应用中往往要与其他的测序一起联用进行组合分析: 1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转...
对染色质开放区域的定向测序可以帮助我们了解细胞的转录调控过程,确定哪些基因在细胞中具有转录活性。 对开放染色质的测序主要有以下几种方法: DNase-seq MNase-seq ATAC-seq ChIP-seq FAIRE-seq 今天这篇笔记主要讲ATAC-seq, DNase-seq和MNase-seq 的原理,和探测区域的异同。
ATAC-seq利用一个被称为Tn5转座酶的蛋白质将测序接头插入到活跃的染色质区域，转座酶的作用导致DNA断裂，产生长度不等的DNA片段。这些片段反映了染色质的开放状态，因为紧密包裹的DNA区域对转座酶不可及。插入测序接头的DNA片段随后通过PCR方法扩增，然后进行高通量测序。测序得到的数据经过分析，可以揭示哪些...
图2 ATAC-seq测序数据分析示例图(片段大小分布及染色质状态分析) 2. ATAC-seq的应用 真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质,这些精密组装信息在基因转录调控中起决定性作用。染色质区域的可接近性是特异性反式作用因子和顺式调控元件相互作用的前提,基因表达的异常或者染色质调控因子的改变...
ATAC-Seq、ChIP-Seq、Dnase-Seq、MNase-Seq、FAIRE-Seq整体的分析思路一致,找到富集区域,对富集区域进行功能分析。 ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。
近几年来,单细胞测序技术一直是讨论热度极其高的话题,除了单细胞转录组,单细胞ATAC也逐渐引起科研人员的兴趣,使得在单细胞层面研究表观调控成为可能,它可以帮助我们在单细胞水平上分析染色质开放性特征,并深入了解基因调控机制,并且自2018年10X发布scATAC-seq后,相关发文数量直线上升,可见热度很高。
ATAC-seq利用一个被称为Tn5转座酶的蛋白质将测序接头插入到活跃的染色质区域,转座酶的作用导致DNA断裂,产生长度不等的DNA片段.这些片段反映了染色质的开放状态,因为紧密包裹的DNA区域对转座酶不可及.
ATAC-seq实验的操作方法如下图所示。即对核基因组DNA中开放区域,用Tn5转座酶,将其切割下来,构建成测序文库,进行测序和分析。 图1 ATAC-seq建库示意图 图2 ATAC-seq测序数据分析示例图(片段大小分布及染色质状态分析) 2. ATAC-seq的应用 真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质,这些精...
那么,如上图a,我们只要人为地,将携带已知DNA序列标签的转座复合物(即带着红色蓝色测序标签的转座酶Tn5),加入到细胞核中,再利用已知序列的标签进行PCR后测序,就知道哪些区域是开放染色质了。而这也就是ATAC-seq的原理。 ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的Ch...
ATAC-seq实验的操作方法如下图所示。即对核基因组DNA中开放区域,用Tn5转座酶,将其切割下来,构建成测序文库,进行测序和分析。 图1 ATAC-seq建库示意图 图2 ATAC-seq测序数据分析示例图(片段大小分布及染色质状态分析) 2. ATAC-seq的应用 真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质,这些精...