批量ATAC-seq数据的标准化基准 该存储库包含用于重现规范化基准报告中报告的分析的代码。 要运行代码,请先 从下载来自Zenodo的包含所有公共数据集的压缩文件。 压缩文件应在此存储库的根目录中解压缩,相应的文件夹应称为“数据”。 在ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/fasta/homo_sapiens/dna/下载人GRCh38...
所述第二步中多细胞水平的质量控制方法:来自多个scatac-seq数据样本组合的scatac-seq数据集被认为是一个多细胞的atac-seq数据。对于该层面的质量控制主要包括以下几个步骤,首先罗列出测序片段的比对结果总结,例如序列的回帖率;其次使用macs对“多细胞”的atac数据进行检测“combinedpeaks”,其输出结果(peakmatrix)用于进...
摘要 本发明公开了一种大批量单细胞ATAC‑seq数据质量控制和分析方法,其特征在于,包括以下步骤:第一步、原始测序文件的FASTQ格式或者比对完的SAM/BAM格式作为输入文件;第二步、测序片段水平和多细胞水平的质量控制;第三步、单个细胞层面的质量控制;第四步、细胞聚类和细胞特异峰的探测:第五步、给用户提供一份质量...
本发明公开了一种大批量单细胞ATAC‑seq数据质量控制和分析方法,其特征在于,包括以下步骤:第一步、原始测序文件的FASTQ格式或者比对完的SAM/BAM格式作为输入文件;第二步、测序片段水平和多细胞水平的质量控制;第三步、单个细胞层面的质量控制;第四步、细胞聚类和细胞特异峰的探测:第五步、给用户提供一份质量控制的...