-c –contaminants:污染物选项,输入的是一个文件,格式是 Name [Tab] Sequence,里面是可能的污染序列,如果有这个选项,FastQC 会在计算时候评估污染的情况,并在统计的时候进行分析,一般用不到 -a –adapters:也是输入一个文件,文件的格式 Name [Tab] Sequence,储存的是测序的 adpater 序列信息,如果不输入,目前版本...
2. 差异分析中样本数和测序深度对敏感性的影响 A. 作者将每一边样本重复数范围从2扩大到20,从而研究样本重复数对每个分析方法敏感性和特异性评价的影响。1. 随着样本数量增加,除了DESeq2之外,所有方法的敏感性都在增加;2. 相比于limma,Wilcoxon秩和检验和t检验,另外三种基于负二项分布的方法在1 CPM组(20%平均...
可以进一步进行一系列详细地分析，如确定全基因组reads的分布，确定峰长的分布，对具有识别峰的基因进行功能分析，基因功能元件上的峰的分布，以及样本间差异峰的分析等(Pranzatelli et al., 2018；Mu et al., 2012)。4、ATAC-seq技术的优缺点 4.1 ATAC-seq与其它技术的比较 ATAC-seq方法最初是作为微球菌核...
在这里,我们将采用类似于 Diffbind 中的方法,并在 ATACseq 分析中合理建立。 1. 识别非冗余峰 首先,我们将定义至少 2 个样本中存在的一组非冗余峰,并使用这些峰使用 DESeq2 评估无核小体 ATACseq 信号的变化。在这里,我们使用与 ChIPseq 相同的方法来推导差异的一致峰。 我们在所有样本中取峰并将它们减少为...
ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上有很大的相似性,因此在这一节同时介绍一下两者的分析方法。 分析流程.png Tips:这里先介绍一下上游的分析流程,在数据的质控和比对方面所有组学均大同小异。 2.1 指控与过滤:trim_galore ...
二、STATA长面板数据分析步骤 1.数据导入与处理 2.描述性统计 3.单位根检验 4.协整检验 5.模型的筛选 6.模型的检验 7.模型的估计 一、面板数据基本概念 面板数据,即Panel Data,也叫“平行数据”,是指在时间序列上取多个截面,在这些截面上同时选取样本观测值所构成的样本数据。或者说他是一个m*n的数据矩阵,...
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分:数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析,下面将对各部分内容进行展开讲解。 一、测序数据过滤与质量评估 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads,得到clean reads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软...
实验设计:用INTACT方法提取植物干细胞(stem cell)和叶肉细胞(mesophyll cells)的细胞核,然后通过ATAC-Seq比较两者在转录因子上的差别。 INTACT技术提供数据的利用率,因为ATAC-Seq主要是分析染色体的开放区域,所以比对到细胞器的序列在后期分析中会被丢弃。
一种方式是把NFR reads单独提取出来进行分析;另一种方式是采用shift-extend的方法进行分析,这种方法尝试对Tn5酶切口的末端平滑化事件进行计数(见下图)。第二种方法更为通用,因为这种方法几乎适用所有为ChIP-seq数据开发的Peak Calling软件,并且不受插入片段大小的影响。
ATAC-seq的分析方法基于对其原理的理解。目前，许多流行的ATAC-seq分析流程直接将ChIP-seq流程应用于ATAC-seq，但这种方法显然需要修正。通过Tn5转座酶随机插入到开放的染色质中，因为Tn5转座酶中设计了PCR引物，在我们进行PCR扩增后，每两个Tn5插入位点之间的序列会被扩增出来。由于大多数Linker DNA的大小...