其中包括测定染色质可及性的转座可接近的染色质测序(ATAC-seq)[9,10],DNA酶I高敏位点测序(DNase-seq)[11,12,13]和甲醛辅助隔离调控元件测序(FAIRE-seq) [14];其测量转录因子(TF)结合[15,16,17]和组蛋白修饰[18,19]的染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq); 检测核小体定位和占位[20,21]的微球菌核酸酶测序(M...
在这里,我们讨论ATAC-seq数据分析的主要步骤,包括预分析(质量检查和比对),核心分析(peak calling)和高级分析(peak差异分析和注释,motif富集,footprint分析,以及核小体定位分析)。我们还回顾了利用多组学数据重建转录调控网络的过程,并重点指出了每个步骤当前面临的挑战。最后,我们描述了单细胞ATAC-seq的潜力,并强调了...