ATAC-seq 适用于机制研究,探索信号通路、表型变化、疾病等与基因调控的相关性。并以其简便高效、重复性好等优点,成为研究染色质开放区的有效技术方法。 在表观遗传研究中,ATAC-seq 能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过 Open Chromatin 区域和 Motif 分析寻找参与基因调控的转录因子。ATAC-seq、CUT&Tag ...
ATAC-seq:使用Tn5转座酶在切割DNA时同时添加测序接头,经过PCR扩增即可获得测序文库,相比DNase-seq更为简单,需要的细胞也更少(500或50000),一天即可完成。经过一次ATAC-seq,可以获得某特定时空下所有开放的染色质区域,不仅仅只局限于分析某一个转录因子的结合位点。 ATAC-seq主要作用 ① 获得在特定时空下基因组中所有...
ATAC-seq是通过使用转座酶打开染色质,使ATAC-seq测序数据中更容易获得开放染色质区域。但是,由于核小体的存在,染色质某些区域会被核小体所保护,从而阻碍转座酶的结合和DNA的开放。因此,ATAC-seq测序数据中,具有核小体保护的区域通常表现出较低的ATAC-seq信号。ATAC-seq是通过使用转座酶打开染色质,使ATAC-seq测序数...
chromVAR是一个R包,用于分析单细胞或者bulk ATAC 或者DNAse-seq数据中染色质分析,作者在原文中提到这个R包通过预测染色质开放或者关闭(bam files)以及具有相同motif或者annotation的peaks(peak bed file)进而对染色质开放程度进行分析,同时这个R包也控制了技术误差。chromVAR的一个优点就是可以处理scATAC-seq数据。(但是...
cellranger-atac count是10x Genomics推出的一款用于分析单细胞ATAC-seq数据的软件。它通过将原始测序数据处理成连接的DNA片段,提取每个细胞的特定DNA元件,如开放染色质区域和DNA结合蛋白,来实现对细胞进行分类和分析。cellranger-atac count的原理是基于ATAC-seq技术,通过识别基因组上的开放区域来揭示一个细胞的转录组特...
ATAC-seq中分析出来的fragment图样本质检有明显有差异可能存在以下原因：1.样本质量：样本的细胞活性差、...
1. 质控 ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗...
这里是佳奥!新的一年,ATAC-Seq的学习也进入了尾声。 让我们开始吧! 1 peaks注释 统计peak在promoter,exon,int... 1.8 4118 0 15 2023.01.01 19:10 【ATAC-Seq 实战】四、计算插入片段长度,FRiP,IDR值与deeptools可视化 这里是佳奥! 2022年的最后一天,让我们继续ATAC-Seq的学习! 1 计算插入片段长度 非冗余...
ATAC-seq 是结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法,其原理是利用将Tn5 转座酶捕获的序列进行测序来推断染色质区域的可及性。 ,时长01:37 ATAC-seq 动画(有声版) 动画视频也可前往B站观看哦! B站链接: https://www.bilibili.com/video/BV1wy4y1b76...
所以,在ATAC-seq的libraries中 mono nucleosome的ATAC-seq library长度大概是(单核小体146bp+核小体free region)+两端的adaptor及Tn5最里面部分ME序列长度(50bp+12bp+13bp+53bp)=274bp+free region,也就是bioanalyzer里面看到的第二个peak。图中显示大概是340bp左右。所以free region应该是330bp-274bp=56bp 。