ATAC-seq 属于表观组学的范畴,在表观组学中,无非就是DNA 水平甲基化,组蛋白水平修饰(Chip-seq)以及染色质的开放情况(ATAC-seq),通过这三个水平的变异,可以从DNA水平,染色质水平,转录水平深入了解生物学过程的分子机制。 详情见我总结的三个视频,希望对大家有帮助。 编辑于 2021-11-28 08:06 赞同18...
ATAC-seq技术的创新之处在于，它通过DNA转座酶对特定时空下开放的核染色质区域进行切割，以此获取基因组中在该特定时空下所有活跃转录的调控序列。这项技术提供了关于基因组活跃区域的详细信息，对于理解基因表达调控机制具有重要意义。细胞核内的DNA由DNA分子和蛋白质共同构成，每条染色单体为一个线性DNA分子。
通过ATAC-seq可以识别出基因组中的开放染色质区域,从而帮助研究人员了解基因的调控和表达。下面我将从不同角度解读ATAC-seq数据的应用和意义。 首先,ATAC-seq数据的解读可以帮助研究人员识别出基因组中的开放染色质区域。这些开放区域往往与基因的调控和表达密切相关,因此可以通过分析这些区域来了解基因的调控机制。比如,...
通过Atac-seq技术,可以对基因组的DNA序列进行高效测序和分析,从而揭示出基因组中的转录因子结合位点以及启动子和增强子的位置,对于理解基因调控网络、基因表达调控等方面具有重要的意义。Motif注释则是Atac-seq数据分析中的一个重要环节,用于鉴定DNA序列中的转录因子结合位点以及其结合的结构特征和序列模式,为后续的功能研...
ChIP-seq和ATAC-seq相结合 比较两个或多个样品时,仅ChIP-seq可能难以寻找有意义的调控元素。在这方面,ATAC-seq具有高分辨率和高信噪比的优势,这使研究人员能够识别差异调节序列,例如增强子。将ChIP-seq与ATAC-seq结合使用,可以更轻松地确定明显的峰。尽管检测DNase-seq和ATAC-seq等开放染色质的方法可以帮助推断基因组...
ATAC-seq即染色质开放性检测,是基于高通量测序手段研究染色质转座酶可接近性的一种技术,可以获得全基因度尺度上处于开放状态的染色质区域活跃转录的调控序列,从而分析潜在的活跃转录因子及其靶基因,目前已广泛应用于病理生理调控机制、药物靶点发现、耐药机制探究等方向,与转录组结合可构建转录因子协同调控网络;ONT全长转...
ATAC-seq数据分析过程包括识别活跃的调控元件，理解不同细胞状态下的基因调控机制，以及揭示疾病相关的表观遗传变化。通过比较不同条件下的ATAC-seq数据，识别差异显著的开放染色质区域，推断调控元件背后的转录因子及其潜在调控网络。分析差异开放染色质区域附近的基因在生物学过程、细胞组分和分子功能上的富集...
ATAC-seq只需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列,可以用来实时了解人体内的情况。研究人员获得了12名健康志愿者的常规血样,并对其进行了研究。他们主要关注的是T细胞,因为T细胞比较容易从血样中分离,而且也是免疫系统的重要组分。研究人员希望在健康人中建立基...
二、研究背景与意义 ATAC-seq技术通过检测染色质的可及性来反映基因组中转录因子的分布情况。通过对ATAC-seq数据的分析,可以识别出共定位转录因子,进而研究它们在基因表达调控中的作用。本文将详细介绍基于ATAC-seq足迹识别共定位转录因子的方法,并探讨其在生物学研究中的应用价值。 三、研究方法 1.实验设计:本研究采...
染色质的可及性动态变化对基因表达调控至关重要，对于细胞分化、发育和疾病研究具有重要意义。研究染色质可及性的方法包括MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq、NOMe-seq以及ChIP-seq和ATAC-seq。ATAC-seq的独特之处在于使用超活性Tn5转座酶，它能结合开放染色质，通过切割、连接barcode并进行高通量测序，获取...