染色质的可及性是表观遗传学的重要组成部分，除此之外，表观遗传学还包括核小体定位、转录因子占用等，对表观遗传学的研究主要采用高通量、全基因组的方法，例如：MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq、ATAC-seq等。图1 开放染色质与封闭染色质(Baylin et al., 2007)。2、ATAC-seq的由来 对于MNase-seq、DNase-...
1. 数据质量:Atac-seq数据的质量直接影响到motif注释的准确性和可靠性,需要对测序数据进行严格的质控。 2. 剪切效应:Atac-seq技术使用的转座酶会在DNA序列中引入偏好性剪切效应,导致一定程度上的偏差,对于motif注释分析带来挑战。 3. 大规模数据分析:Atac-seq测序数据通常具有较大的规模,需要运用高效的计算和分析工...
基于ATAC-seq数据的多motif发现系统是由吉林大学著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR0346554,属于分类,想要查询更多关于基于ATAC-seq数据的多motif发现系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
ATAC-Seq实验表明,RING1B(PRC1复合物的一个成员)的降低会导致增强子区域的染色质可及性发生变化。此外,RING1B的丢失导致约500个开放的染色质峰的丢失,并且在增强子附近出现了600多个新的开放区域。Motif分析表明,增强子区域丢失的峰包含FOXA1 / 2结合位点,而预测的峰包含CTCF结合位点,表明RING1B在乳腺癌细胞中具有...
R包,比如motifmatchr包 也可以做。 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/motifmatchr.html 3 多组学整合分析 RNS-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq 以及一些整合的R包:esATAC ATAC-Seq的实战流程学习至此结束。 但个性化的分析还有很多要钻研的地方,尤其是官方文档。
这一步在ACAT-seq的原文中有做,不做的话对单碱基分辨率要求比较高的分析是有影响的(比如转录因子足迹分析,下面的Motif Analysis会说)。 Peak Calling peak calling是后续所有分析的基础。简单来说,在将reads比对到参考基因组后,因为进行的是pair-end测序,一对reads之间的序列为一个fragment,统计每个碱基上fragment的...
ATAC-Seq方法快速,简便,适用于广泛的样品类型,已成为常用的表观遗传学分析方法,并且可以作为更深入的表观遗传学分析的基础。 在ATAC-Seq实验中,用高活性的突变Tn5转座酶处理来自细胞或组织样品的完整细胞核。该转座酶把DNA片段化的同时用测序接头标记靶DNA。 Active Motif的ATAC-Seq试剂盒提供了与Illumina®平台...
◆ 使用Active Motif ATAC-Seq试剂盒可生成可靠且可重复数据 基因启动子区域的染色质在具有转录活性的时候通常是开放的或者可及的。ATAC-Seq分析结果会在这些区域检测到peaks,说明了所研究样本中的开放的染色质区域,揭示了具有转录活性的基因。 图2:ATAC-Seq试剂盒用于检测集中小鼠组织样本的全基因组开放染色质状态。
Active Motif 一站式scATAC-Seq 技术服务包括:1. 细胞准备2. 转座酶反应3. 使用10X Genomics Chromium平台处理样品4. 文库产生5. 测序6. 生物信息学分析scATAC-Seq 数据图1:鉴定单个样品中不同细胞群体之间染色质可及性的变化。从小鼠肾脏组织产生的单细胞ATAC-Seq数据。 tSNE图上的每个颜色编码蔟代表具有相同...
作者通过转录因子的chip-seq数据,分析了在ATAC数据中各个转录因子与核小体不同距离内序列的分布情况,从上到下按照距离分为四类,最上面的距离核小体最远。 至于转录因子结合位置,我们知道chip-seq富集的是转录因子结合的区域。 以CTCF为例,chip-seq的峰就是CTCF的结合区域,中部位置为CTCF的motif,但是我们发现在moti...