6.使用OMEGA PCR产物纯化试剂盒纯化上清(这个试剂盒回收的片段在200bp以上,正好保留住扩增产物,并过滤掉残留的引物片段,这是平时做实验看说明书找到的灵感,建议大家做实验也多看看说明书,就算有人带着做,最后也自己再看一遍。); 7.30ul ddH2O溶解回收纯化产物,取3ul进行凝胶电泳检测(加入等体积的1/3甘油作为Loadi...
舒桐科技推出的GeneRulor Transposome可以有效地进行ATAC-seq,同时公司还推出了ATAC-seq试剂盒,本ATAC-seq试剂盒优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需3小时)即可完成文库构建,起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是表观遗传学研究技术的又一研究利器,目前已开放GeneRulor Transposome和A...
Atac-seq的实验步骤如下: 1.细胞固定和裂解:首先,将待研究的细胞固定在生长条件下,并用低渗溶液裂解细胞膜。 2.转座酶处理:将Tn5转座酶与转座酶适配剂一起加入到细胞裂解液中,使其与DNA结合。这样转座酶可以在暴露的染色质上结合并切割DNA。 3.DNA片段化:用碱性条件(碱性缓冲液)将DNA进行片段化处理,产生大约...
从上面的实验流程也可以看出,ATAC-seq中比较重要的步骤是细胞悬液制备和提取完整的细胞核,在细胞裂解和提取细胞核过程中,线粒体DNA可能会与染色体DNA一起被提取和处理,从而引入线粒体污染。线粒体是没有组蛋白保护的,容易被Tn5转座酶切割,同时线粒体的拷贝数也比染色体高很多,如果线粒体在实验过程中没有去除,很...
嘉因生物-ATAC-seq实验原理及应用, 视频播放量 1109、弹幕量 0、点赞数 21、投硬币枚数 11、收藏人数 57、转发人数 23, 视频作者 表观遗传上海嘉因, 作者简介 2014年伊始 专注表观遗传10年 更专业 更放心 http://www.rainbow-genome.com/,相关视频:千年诅咒,2026年即将发
下面,我们简要概述了ATAC-Seq实验步骤,该步骤可分为两个主要部分:细胞制备和转座。 细胞制备 第一步需要收获细胞。由于用于ATAC-Seq分析的细胞数量对于转座反应和生成的DNA片段的大小分布至关重要,因此对细胞进行计数非常重要。此外,细胞应完好无损,并且是均匀的单细胞悬浮液。收获后,用非离子型去污剂裂解细胞以产生纯...
尝试到此。建立了atac-seq的索引。 3、将重复序列的文件与转录因子进行比较。 我想画得一张图是,比如行是转录因子,列是重复序列的家族。 cp/home/xxzhang/workplace/project/geneRegion/repeat_interest.bed ./catrepeat_interest.bed |sed's/\s/\t/g'|bgzip -c >Hs_repeat.bed.gz ...
1. ChIP-seq 1.1 什么是Chip-seq ChIP 测序，也称为 ChIP-seq，是一种对特定组蛋白修饰、DNA ...
CRISPRi细胞系 实验组/处理组的 ATAC-Seq 的建库。 CRISPRi细胞系 实验组/处理组的 ATAC-Seq 的测序。 基础生信报告 基与于 Pathcards 的基因注释与文献信息三级联转录调控预测。 本司不提供不确保: 基础生信报告达到SCI 20分以上Fig要求。 三级联转录调控轴心Axis预测,直接可写入SCI 5分以上论文结果。
ATAC-seq技术操作步骤简单,细胞投入量少,适用范围广,是研究染色质可及性常用的实验手段。然而,该技术受到细胞核制备质量的限制,因此,获取背景干净的完整细胞核是关键前提。相较于动物细胞,植物与真菌细胞具有细胞壁结构,部分物种的细胞壁坚韧且成分复杂,剧烈的破壁方法可能会破坏细胞核完整性,而温和的方法又无法使细胞...