ATAC-seq数据得到大量潜在的转录因子（TF），利用Footprint分析，可以找到转录因子结合区域特征以及在全基因...
答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
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这种转座酶可接近性染色质的研究方法(assay of transposase accessible chromatin, ATAC-seq)可以最少只利用大约500个细胞就可以快速的得到调控的多维信息,比其他方法要节省大约3到5个数量级的细胞。并且由于ATAC-seq的实验流程中没有片段选择的步骤,所以这种方法可以同时获得“开放”染色质的位置、转录因子的结合位点、...
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在搜索框中搜索peak,找到注释页面。 http://www.bioinformatics.com.cn/basic_chipseq_atacseq_peak_annotation_by_chipseeker_t017 ...
5、文库质量控制：凝胶电泳（凝胶电泳的替代方法:生物分析仪）四、与ChIP-Seq的不同 ChIP-Seq原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP） 特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段 ，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。ATAC-seq是 全基因组范围 内，找出所有的OCR。
ATAC-seq得到的是全基因组尺度上处于开放状态的染色质区域,并且通过分析染色质开放区域的motif可以获得潜在的活跃转录因子及其靶基因。 开放染色质在基因表达调控中具有重要作用,因为其结构较为松散,DNA…
(一)利用IGV同时查看Chip-seq和ATAC-seq的结果 拿到所有CHIP-seq和ATAC-seq的bw文件,可以在IGV里将这些文件一起导入,然后搜索基因cdc25b,查看基因附近的峰的情况: 文献原图 我做的图 上面两个文件是Chip-seq的峰图(红色,粉色),下面5个是ATAC-seq的峰。可以看出smad2/3在两个基因之间有一个结合的峰(红色),...
ATAC-seq实操 本实操完全学习了:给学徒的ATAC-seq数据实战(附上收费视频) 的代码及流程,首先致谢! | 数据来源的文章: The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos. Nature 2016 Jun 30;534(7609):652-7. PMID: 27309802...
当前,由于ATAC-seq普遍使用Illumina的Nextera文库,Nextera测序接头比例过高,进行准确的read比对前需将接头删除。目前,去除接头的工具大多采用不同的动态编程,包括 cutadapt,AdapterRemoval v2 ,Skewer和trimmomatic,它们都需要输入已知的接头序列。Trim-galore,fastp可以自动识别序头序列。对于Nextera和Truseq文库使用trimmomatic...