通过这些优势,ATAC-seq成为了研究基因表观遗传学的一项强大工具,为科学家们提供了深入理解生物体基因调控机制的可能。 三、ATAC-seq应用场景 ATAC-seq的应用领域非常广泛,其核心优势在于能够在不需要大量细胞样本的情况下,快速、高效地提供全基因组水平的染色质可及性信息。这使得ATAC-seq成为连接遗传变异、表观遗传修...
ATAC-seq技术有什么优势? (1)转录因子结合位点鉴定:ATAC-seq可以用于识别特定转录因子的结合位点,以及这些位点在不同条件下的变化,从而揭示转录因子在细胞功能中的作用。 (2)核小体定位:ATAC-seq可以分析哪些区域的DNA处于核小体附近,从而推测核小体的位置及其在基因调控中的作用。 (3)绘制染色质开放性图谱:通过...
ATAC-seq 适用于机制研究,探索信号通路、表型变化、疾病等与基因调控的相关性。并以其简便高效、重复性好等优点,成为研究染色质开放区的有效技术方法。 在表观遗传研究中,ATAC-seq 能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过 Open Chromatin 区域和 Motif 分析寻找参与基因调控的转录因子。ATAC-seq、CUT&Tag ...
接下来，通过高通量测序，我们就能读取这些被标记的DNA序列，并绘制出染色质开放的“地图”。当我们把这一过程应用于单个细胞时，我们就可以知道每个细胞中的哪些基因是“打开”的，哪些是“关闭”的，这就是单细胞ATAC-seq的基本原理。这项技术的最大优势在于它的高分辨率。传统的染色质开放性检测方法只能告诉我们一...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
ATAC-seq 实验流程 一般来说包括以下几个步骤: 细胞核制备 片段化及 DNA 提取 PCR 扩增 文库纯化 高通量测序 数据分析 ATAC-seq 技术的优势 所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短 满足动物、植物、人等样本的要求,具有很好的物种适应性
ATAC-Seq的优势 在ATAC-Seq技术被开发出来以前,有几种常用的研究开放染色质的方法,比如MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq等。但这些技术有明显的不足之处,比如需要的细胞数量非常大,实验过程繁琐,且测序得到的数据覆盖范围相对ATAC-Seq要少等。所以后来才研发了新技术-ATAC-Seq。相比来讲,ATAC-Seq起始的细胞量低,...
当样本采集具有挑战性时，这一优势尤为突出。4、ATAC-seq利用双端测序技术绘制核小体的定位和占用图谱。双端测序可以对DNA片段的两端进行测序，使基因组重复区域的reads比对更加准确。5、ATAC-seq的重复性，比MNase-seq和DNase-seq的更强，操作起来也更加简便，而且只需要很少的细胞/组织量，同时测序信号更加好。6...
因此，ATAC-seq得到的，是全基因度尺度上处于开放状态的染色质区域。本文提出ATAC-seq，是作为 MNase-seq ，FAIRE-seq 和DNAse-seq的替代实验。相比于它们，ATAC-seq具有的明显优势有：1、样本需求量大大减少需求的细胞量从500到 50,000，相比于其他实验动辄10^7个细胞的样本需求量，ATAC-seq对细胞量少这种情况...
1. ATAC-seq技术对低至500个细胞的实验有效 相对于ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等染色质开放区信息的探索技术,ATAC-seq技术的优势在于所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短(约3h)。 图4. ATAC-seq与DNase-seq、MNase-seq的性能对比(2013,William J) ...