作者利用DAP-seq技术对NKD1和NKD2蛋白在体外的结合模式进行了深入分析,确认了它们潜在的结合基序为TTTGTC,并鉴定出NKD1和NKD2在基因组中的结合位点(图6A, 图6B;补充数据集S9, S10)。对于NKD2,它在多个时间点都与特定基因型的DEGs显示出显著的重叠,而NKD1则因为peak数量较少,其重叠度较低(图6C)。进一步的功...
ATAC-seq主要检测开放染色质区域，而这个区域内一般主要是基因的启动子、增强子及沉默子等调控区域，所以通过ATAC-Seq我们可以研究启动子、增强子以及一些转录因子的结合位点等信息。在具体的研究中，ATAC-seq经常与RNA-seq以及ChIP-seq等技术联合应用，来确定具有转录活性的区域。3、ATAC-seq的流程是什么？4、ATAC-Seq...
Single cell ATAC-seq(scATAC)可以在单细胞水平上揭示表观基因组景观【1】。这项技术已经成功的被应用于获得细胞类型,揭示细胞异质性的调控机制,绘制与疾病相关的调控元件,以及重建分化轨迹【2-4】。然而由于数据高纬性和稀疏性的特点,scAT...
INTACT技术提供数据的利用率,因为ATAC-Seq主要是分析染色体的开放区域,所以比对到细胞器的序列在后期分析中会被丢弃。 分析流程:分为数据预处理,Peak-calling和后续分析三步。 数据预处理 数据预处理步骤分为:质量控制,原始序列比对,比对后去除重复序列和细胞器序列。当然在这之前,先得做一下准备工作,创建工作环境,...
ATAC-seq(Assay forTransposase-AccessibleChromatin with high throughput sequencing)是使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性染色质区域进行测序分析的一种表观遗传学研究技术。 该技术有两大特点:(1)转座酶只对开放染色质区域进行切割;(2)转座酶可以同时对切割下来的DNA片段的两端添加测序接头。
基于ATACseq足迹识别共定位转录因子篇一一引言随着生物技术的快速发展,转录因子在基因表达调控中的重要性日益凸显。共定位转录因子colocalized transcription factors的识别对于理解基因表达调控机制具有重要意义。
seq产物中的用途及方法,具有以下有益效果:本申请通过对cut&tag或atac ‑ seq中转座体的接头序列生物素化,产生的生物素化的核酸产物能够被链霉亲和素磁珠结合,链霉亲和素磁珠回收仅仅需要20分钟的室温孵育时间就能和全部生物素化dna结合,洗涤后可直接pcr制备ngs文库。通过对回收效率和文库分布的检测,发现本申请提供...
进一步地,所述步骤s1中对atac-seq测序数据进行分析与质控的方法为:对下机的原始数据进行过滤,去除含有测序接头(adapter)的数据、n比例大于10%的数据和质量值q≤10的碱基数占整条测序片段(read)的40%以上的数据。 进一步地,所述s2中比对分析具体包括:利用比对软件bowtie2将步骤s1获得的数据比对到参考基因组进行比对...
生物素化的转座体在回收CUT&Tag或ATAC-seq产物中的用途及方法专利信息由爱企查专利频道提供,生物素化的转座体在回收CUT&Tag或ATAC-seq产物中的用途及方法说明:本发明涉及分子生物学、基因组学以及生物技术领域,特别是涉及生物素化的转座体在回收CUT&Tag...专利查询请
ATAC-seq性质、用途与生产工艺 ATAC-seq上下游产品信息 上游原料 下游产品 ATAC-seq生产厂家 全球有 6家供应商ATAC-seq国内生产厂家 供应商联系电话电子邮件国家产品数优势度 上海达澈生物科技有限公司zhimin.xu@diatre.com中国258 深圳市易基因科技有限公司support@e-gene.cn中国258 ...