ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
ATAC-seq 适用于机制研究,探索信号通路、表型变化、疾病等与基因调控的相关性。并以其简便高效、重复性好等优点,成为研究染色质开放区的有效技术方法。 在表观遗传研究中,ATAC-seq 能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过 Open Chromatin 区域和 Motif 分析寻找参与基因调控的转录因子。ATAC-seq、CUT&Tag ...
DNaseseq- 酶消化以从转录因子结合位点周围的开放染色质中提取信号。MNaseseq- 酶消化以提取代表核小体...
与其他技术相比,ATAC-seq具有样本量少、制样时间短、可靠性高等优点。ATAC-seq以其无可比拟的优势,迅速成为研究开放调控区域的有效方法。 图3. ATAC-seq的原理和工作流程。 A. ATAC-seq、ChIP-seq和RNA-seq的原理。B. ATAC-seq数据分析的通用流程。 ATAC-seq技术通常需要额外的步骤来去除线粒体DNA的污染,这...
图4. ATAC-seq 的高效使之具有应用于临床的潜力 (3)对测序深度要求更低 相比于MNase-seq,ATAC-seq 的测序量降低了几十倍不止,而关键是信号居然还那么好,这意味着你可以省下不少钱,或者花相同的钱,你可以获得更多的有用数据。 (4)一次性获得全基因组上的染色质开放区域 ...
ATAC-seq是一种高效探索染色质开放区的技术,适用于机制研究,探索信号通路、表型变化、疾病等与基因调控的相关性。并以其简便高效、重复性好等优点,成为研究染色质开放区的有效技术方法。 在表观遗传研究中,ATAC-seq能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过Open Chromatin区域和Motif分析寻找参与基因调控的转录因...
ATAC-seq技术优点在于可以较快地测定染色质的开放性和可及性,从而揭示染色质结构和功能的调控机制和细胞特异性表达等信息。然而,该技术存在着测定精度低、数据分析复杂和样本处理要求严格等缺点。 DNA甲基化和ATAC-seq是两种用于研究DNA结构和功能的重要技术,它们在研究基因组的表观遗传学和调控机制方面有着重要的应用...
ATAC-seq技术是一种高通量测序技术,用于研究转录因子在染色体上的动态分布。该技术利用转座酶的活性,检测染色体上可及性区域的DNA片段,通过高通量测序技术对片段进行测序分析。ATAC-seq技术具有高灵敏度、高分辨率和低背景噪声等优点,能够准确反映转录因子在染色体上的定位情况。 三、共定位转录因子的识别方法 基于ATAC-...
ATAC-seq具有高效率和低细胞输入要求的优点,但是其对不同类型样品的适用性仍然受到限制。为扩展应用而产生的ATAC衍生技术包括fast-ATAC,Omni-ATAC和miniATAC-seq(图3)。例如,fast-ATAC针对血液样品进行了优化,使用含洋地黄皂苷的转座缓冲液将通透和转座这两个步骤组合为一个步骤。它不仅增加了每个细胞的片段产量,而且...