ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
对于Paired-End的ATAC-seq而方,我们可以方便的得到片段的大小,所以可以论据片段的大小将reads分类为nucleosome free, mononucleosome, dinucleosome, 和trinucleosome等。对它们进行分类,可以帮助我们查看NFR上下游的nucleosome的分布状况。 ## run program for chromosome 1 onlytxs <- txs[seqnames(txs) %in% "chr1"...
利用ATAC-seq方法,结合癌症基因组图谱研究的现有数据,研究人员在410例囊括23种癌症类型的冷冻样本中,定位了562,709个可重复、转座酶可接近的染色质可及性位点。泛癌分析发现的染色质可及性峰值中,约有三分之二与过去发现的调控元件信息一致,表明ATAC-seq技术能够很好的重现过去的研究发现,同时还能发现大量新的染色质...
片段化的过程需要使得DNA片段的大小分布符合预期,通常在100-1000bp之间。此外,片段化的效率也需要达到一定的标准,以确保所得到的DNA片段能够充分代表原始样本中的染色质可及性。 另外,ATAC-seq实验中的测序深度也是一个重要的质量标准。通常来说,需要足够的测序深度来确保检测到低频的染色质可及性变化。测序深度的...
通常,成功的ATAC-seq实验应生成片段大小分布图(从bam文件得到),其具有递减的和周期性的峰,对应于无核小体区域(NFR)(<100 bp)和单核、双核和三核小体(~200, 400,600碱基对)。因为大多数的Linker DNA的大小介于10-80bp之间,所有得到的大多数片段都会是小于100bp的(前面那段毛毛刺刺的,密度又很高的)。而每个...
核小体数目不同产生片段长度不同 ATACseq 一般人种要求 50M 以上比对的 fragments (reads), 因为线粒体 DNA 没有核小体结合,测序出现大量线粒体数据是正常的,线粒体数据占比在 20-80% 都有可能。 ATACseq 分析流程如下图所示。质控、比对、peak calling 是必须的上游分析,Motif 等下游分析是个性化的。
由于大多数Linker DNA的大小介于10-80bp之间，因此大多数得到的片段长度都小于100bp。每个核小体的DNA大小约为180bp，加上两边插入的冗余，我们会得到大约200bp长度的单核小体DNA。如果是两个核小体之间的片段，其长度约为400bp。依此类推，所得到的DNA片段大小分布如图所示。对于ATAC-seq测序结果的...
2022年的最后一天,让我们继续ATAC-Seq的学习! 1 计算插入片段长度 非冗余非线粒体能够比对的fragment、比对率、NRF、PBC1、PBC2、peak数、无核小体区NFR、TSS富集、FRiP 、IDR重复的一致性 根据bam文件第9列,在R里面统计绘图 samtools view 2-ce11-2.last.bam | cut -f 9 >1.txt ...
4) Trimmomatic过滤低质量片段和接头 当前,由于ATAC-seq普遍使用Illumina的Nextera文库,Nextera测序接头比例过高,进行准确的read比对前需将接头删除。目前,去除接头的工具大多采用不同的动态编程,包括 cutadapt,AdapterRemoval v2 ,Skewer和trimmomatic,它们都需要输入已知的接头序列。Trim-galore,fastp可以自动识别序头序列。
图1 ATAC-seq建库示意图 图2 ATAC-seq测序数据分析示例图(片段大小分布及染色质状态分析) 2. ATAC-seq的应用 真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质,这些精密组装信息在基因转录调控中起决定性作用。染色质区域的可接近性是特异性反式作用因子和顺式调控元件相互作用的前提,基因表达的异...