2024年3月19日,宁波大学燕飞研究员团队在植物病理学主流刊物Molecular Plant Pathology上发表题为“Integrated ATAC-seq and RNA-seq data analysis identifies transcription factors related to rice stripe virus infection in Oryza sativa”的研究论文。本研究利用水稻条纹病毒(RSV)感染水稻,研究病毒诱导的染色质可及性...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
4. 水稻基因组调控中的大样本ATAC-seq研究 水稻基因组的复杂性使其成为研究植物基因组调控的理想模型。尽管已有大量研究集中在水稻的基因组结构变异和基因表达调控上,但对水稻非编码调控元件的系统解析仍然有限。为了全面解析水稻的基因组调控景观,Zhu④等人利用ATAC-seq,对3个品种水稻23个不同组织/器官共计72个样本...
为了研究OsNMCP1是否真的在调节水稻抗旱性中发挥作用,研究人员分别获得了OsNMCP1过表达(OE)转基因水稻(ZH11背景)的两个独立株系(OsNMCP1-OE-5和OsNMCP1-OE-8)以及两个等位基因T-DNA插入突变株系,osnmcp1-1(PFG_3A-60922,DJ背景)和osnmcp1-2(PFG_1C-01360.R,HY背景)。OsNMCP1-OE在从干旱胁迫处理恢...
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序,并使用生物...
ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序,并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。
诺禾致源ATAC-seq/mini ATAC-seq项目经验丰富,涵盖人、大小鼠、猪、鹅、马鹿、鸟类、昆虫类(如果蝇、飞蝗等)、水产/海产类(如扇贝、黄鳝、中华绒螯等)及植物(如油菜、水稻、杨树、拟南芥、苹果、葡萄等)等几十种物种;尤其针对植物果肉、果皮、胚轴等特殊组织部位积累了更丰富的样本处理经验;助力客户在Immunity、...
喜讯!ChIP-seq再立功,组蛋白去甲基化酶在水稻种子的表观调控机制见刊The Plant Journal " 要做此图之前,我们首先得搞清楚两个问题: 1、这个图是干嘛用的? 2、怎么看? 答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。
期刊名称:Mol Plant Microbe Interact 期刊IF:4.171 项目材料:水稻稻曲病菌 爱基提供技术服务:ATAC-seq 合作单位:华中农业大学植物病理学湖北省重点实验室 Title(E) ATAC-seq Data for Genome-Wide Profiling of Transcription Factor Binding 2 Sites in the Rice False Smut Fungus Ustilaginoidea virens ...
本篇文章是利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析的经典案例。作者选择5个不同的水稻品种,对它们分别进行热处理和干旱处理以模拟高温和缺水这2种胁迫环境。进一步通过对这种胁迫处理的5个水稻品种进行RNA-seq检测RNA的表达差异和ATAC-seq检测染色质开放区域差异。最后联合ATAC-seq数据和RNA-seq数据,以及转录因子的motif信息。